1946年7月，周作人因“汉奸罪”，在南京接受国民政府的审判。 那天，周作人身着一袭白棉长衫，气派如常，迈着不疾不缓的步子，仿佛是去参加学会一般。 在法庭上，先是公诉人控诉周树人担任伪职期间，犯下的罪行。 比如为日本政府实施奴化教育，编写伪教科书；比如协助日本人调查华北地区的矿产资源；还比如粉饰日本侵略做宣传及参拜靖国神社等。 本来，和周佛海、丁默邨等大汉奸比起来，周作人这种文化汉奸只能算是小儿科，不过由于他是鲁迅的弟弟，因此吸引了不少人来旁听。 起初，在公诉人控诉罪状的时候，周作人还能边听边认真地做笔记，但到了后来，为了逃避罪行，周作人针对指控的罪行，开始自我一一辩护。 周作人表示，他担任伪职纯属迫不得已。 一是，日本人占领北平后，物资奇缺，家中十几口人需要生活，迫于生计，他只能无奈接受日本人的邀请。 二是，卢沟桥事变发生后，他本以为这只是中日在华北地区的一次冲突事件，要不了多久就能得到解决，所以他留在北平观望，并没有离开。 三是，他留守北大，看护校产，同时维护北平的教育，不让教育和学校受到日本人的迫害。 为了开脱罪行，周作人还提到了曾遭到刺杀的事情。 他说，枪击的时间正好是在日本人邀请他担任伪职不久，他认为他之所以毫发未损，是日本人故意这样做的，为的是给他一个下马威。 其实，刺杀周作人的是抗日锄奸团，他们看周作人当汉奸，便对他动了手。 尽管周作人极力为自己的汉奸行为开脱，但铁证如山，因此法院并没有采取他的说法。 本来，像周作人这样罪行累累的汉奸，应该判处死刑。 不过，当时胡适、俞平伯等文化界大佬联名上书国民政府为他求情，再加上他的学生也在极力为他运作，因此国民政府对他从轻发落，判处他有期徒刑14年。 然而，周作人表示不服，又向上级法院提起复判。 在上诉书里，周作人一再坚称，他并非真心投敌，只是为了挽救教育，抵制奴化，才不得已做出的牺牲。并且他在担任伪职期间，还极力把“儒家文化”纳入“大东亚共荣圈”，为的是同化日本人。 周作人的诡辩，只能引人发笑。不过在复判时，最高法院认为罪名虽然成立，鉴于他“保护北大及在文化界有贡献”，因此改判10年有期徒刑，剥夺公权10年，并没收全部财产。 尘埃落定后，周作人在南京老虎桥监狱服刑。 国民政府并没有为难周作人，因此他在监狱里的生活倒也风平浪静。 和所有犯人一样，周作人要遵守监狱里的作习时间，饮食上也很简陋，不过他有大量的时间看书写字，有时候他也会写信，让人帮他传达给外面的友人。 不得不说，周作人的运气不错。 1949年，国民政府倒台前夕，决定疏散老虎桥监狱关押的犯人，凡是有期徒刑的儿犯人，都可以担保获释，这政策出来不久，周作人就重获自由了。 不过，当时北平已经解放，但南京和上海还在国民政府的手中，由于兵荒马乱，南北交通几乎中断，周作人无法回家，只好到上海的学生尤炳圻的家中暂住。 南北通车后，周作人对回北平的事仍然没有把握，于是悄悄给毛主席写了一封五六千字的长信，在信中表态他对中国共产党的拥护和支持，又谈到了自己不光荣的历史，并一再表示他是被迫接受伪职，并非真心附逆，最后他还委婉地提出，希望能给他安排一个工作。 找毛主席要工作的人不少，像毛主席的亲戚等也开过口，但毛主席都拒绝了。周作人是个汉奸，居然也想找他要工作，周作人心里没有底，但当年毛主席在北大当图书管理员的时候，他们好歹有过一面之缘。 没想到，毛主席在看了信后，却很大度地表示，一个文化汉奸，又没有杀人放火，现在懂古希腊文字的人不多了，把他养起来，让他搞翻译，以后出版。 有了毛主席这句话，周作人马上带着妻子羽太信子回到了北京，重又住回八道湾的四合院里，重又过上了熟悉的生活。 然而，周作人的历史问题，并没有因此一笔勾销，在他后面的日子里，颇受了一些苦楚，直到1967年，82岁的周作人才在病痛的折磨中，离开了人世。
