1928年12月，石友三收到冯玉祥的电报，追问参谋长李秉璇的下落。石友三大吃一惊，因为人已经被他给活埋了。担心冯玉祥知晓真相的石友三，开始筹划倒戈。 1929年的5月，石友三响应韩复榘的“反冯投蒋”通电，倒向南京。“十三太保”中的两人突然倒戈，毫无心理准备的冯玉祥，气得大哭。 手握重兵的石友三，是冯玉祥一手提拔的，他之所以倒戈，除了本就是个反复无常的人外，还和他与冯玉祥已经产生极大的裂痕有莫大关系。 1926年8月，西北军在南口大战中失利，石友三、韩复榘认为大势已去，选择依附阎锡山的晋军。 就在两人投阎后不久，冯玉祥回国重新收拢残部。在到达五原后，冯玉祥马上电令韩复榘、石友三到五原开会。 冯玉祥治军很严，有倒戈经历的石友三、韩复榘不敢前去。之后，冯玉祥派人去解释，说南口大战后，形势不利，两人暂时依附阎锡山情有可原，毕竟没有投靠张作霖和吴佩孚。于是，石友三、韩复榘这才重归西北军。 石友三虽然再次回到了冯玉祥的麾下，但是两人之间已经有了隔阂，再无昔日的感情了。 1927年春，石友三的部队在移防平凉时，冯玉祥以部队纪律松弛、沿途抢劫的名义撤换了石友三部的师长张凌云、旅长米文和、团长时念新等军官，并且还押往西安囚禁；不久在移防的时候，部队之中又传来消息，说是石敬亭将要代替石友三担任第5军军长。这些事件的接连发生使石友三心生不安，唯恐大难临头。 石友三治军相当严苛，他的部队也属于西北军中战斗力比较强的一支，在北伐中，冯玉祥的西北军主要作战对象是张作霖的奉军，但石友三是吉林人，冯玉祥鉴于石友三有投降阎锡山的不光彩经历，为了防范张作霖、张学良的策反，就把石友三的第5军编为全军的总预备队，不让石友三有和奉军接触的机会。 在二次北伐时，西北军兵力扩充的很快，大部分军长都升任为各路的总指挥，但石友三却还是军长。就在石友三狐疑不安的时候，冯玉祥又将石友三原来的参谋长张隆华撤职，派高参李秉钧接任，这在石友三看来，和监军没有什么两样，况且从李秉钧的所作所为来看，冯玉祥确实有要将石友三撤职查办的意图，冯玉祥目前的所作所为加深了他和石友三的矛盾与间隙。 此外，当时冯玉祥对张自忠、石敬亭越来越重用，经常带着两人出战，而石友三和两人都有恩怨。 张自忠原本是石友三手下的旅长，石友三攻打雁门关时，张自忠在其手下任职。两人产生矛盾后，有一次，石友三令张自忠限期攻下雁门关的重要关卡水峪口，否则就要枪决，张自忠知道这是石友三报复，于是便潜逃回西北军总部，两人因此结下仇怨。 石友三和石敬亭的梁子是在南口大战后结下的，在南口溃退后，西北军溃兵多在归绥、包头一带云集，由于遭遇惨败，官兵士气很低，军纪也很不好。 后来，冯玉祥决定收集溃兵，整饬军纪，石友三负责包头，鹿钟麟负责归绥。就是在这次整饬军队的过程当中，石友三枪毙了一个姓籍的团长，很不凑巧，这个团长是石敬亭的外甥。石敬亭非常气愤，认为他的外甥就算有罪，也不至死。 五原誓师之后，冯玉祥任命石敬亭为西北军总部参谋长、张自忠为总部副官长，两人都颇受冯玉祥的亲近和喜爱。张自忠和石敬亭曾向冯玉祥进言过，说石友三此人善反复、无忠心、不可靠。但冯玉祥始终认定只要有他在，石友三不会干出倒戈的事情，如此才没有撤职查办石友三。 消息传到石友三的耳中后，他惴惴不安，担心冯玉祥随时会改变对他的看法，进而处理他。 冯玉祥将李秉钧派到石友三部任参谋长后，李秉钧常常以监军自居，对军事指挥指手画脚，两人之间常有矛盾和抵触。 1928年，石友三部参加鱼台战役，战事结束后，率军返回途中，恰逢大雨，沿途道路泥泞不堪，李秉钧乘马不幸颠落路旁，浑身污泥，一怒之下便打骂马夫说他不用心牵扶，没想到马夫也是个直性子，没有屈服甚至还反唇相讥。 李秉钧和马夫相持不下，气不过了便去找石友三，让石友三处理马夫，石友三哈哈大笑，出言讥讽说：“真没有想到，我的参谋长居然和马夫打架。” 李秉钧在盛怒之下，坚决要求辞职不干，在和石友三吵了一番后，拂袖而去。李秉钧不会想到，他的这一举行，却引来了石友三对他的杀心。 原来，在鱼台之战中，石友三率部攻占山东济宁，蒋介石传令嘉奖石友三部，并赏大洋7万元。石友三大喜过望，秘密派他的秘书长刘郁周持函到徐州拜谒蒋介石并致谢，蒋介石再次赠与石友三10万元。 石友三怀疑李秉钧察觉到这件事，于是在李秉钧辞职离去时候，电告驻扎在民权车站的师长孙光前，让他将李秉钧留下，然后派亲信副官蒋家安持密信叫孙光前杀掉李秉钧，孙光前带人秘密将李秉钧及随从活埋在民权车站附近。 不久之后，冯玉祥追问李秉钧的下落，石友三谎称李秉钧有事请了几个月假，但此事肯定难以一直掩盖下去，李秉钧是冯玉祥亲信，就这样被活埋，一旦水落石出后，冯玉祥定是难以轻饶。于是，本就桀骜难驯的石友三，选择再次背叛了老长官冯玉祥，倒戈投蒋。
