流感嗜血杆菌通常在人体上不会致病，只有在其他因素存在的情况下，比如有病毒感染、免疫功能低下、存在的慢性发炎组织时，流感嗜血杆菌便会使人生病。 流感嗜血杆菌分两型，未封装型会导致中耳炎、结膜炎、支气管炎和鼻窦炎，封装型即B型（Hib）会导致侵入性疾病，包括菌血症、肺炎、会厌炎、急性细菌性脑膜炎，偶尔会导致蜂窝织炎、骨髓炎和感染性关节炎。 Hib是发展中国家菌血症和脑膜炎的主要病因，Hib引起的脑膜炎的死亡率为5%，引起的长期后遗症的比例为15-30%，引起的会厌炎的死亡率为5-10%。85%的病例发生在婴儿和5岁以下儿童身上，是最常见的儿科细菌性脑膜炎的病因，在6-12月龄高发。80%的Hib会厌炎发生在2岁以上儿童身上。Hib也是2岁以下儿童感染性关节炎的主要病因。 70%的Hib疾病发生在10个国家，印度第一，中国第二，中国每年病例超过1百万。 虽然抗生素可以治疗流感嗜血杆菌引起的各种疾病，但为了避免上述较高的儿童死亡率，疫苗是最佳的防护手段。
