强基计划的高校基本上都采取3+1+X的培养模式，部分高校采取3+2+X的培养模式，具体的培养方案参照各校强基计划招生简章。大部分的强基高校是鼓励学生本硕博连读，但并不是要求学生必须本硕博连读。比如中国科学技术大学强基计划学生可以放弃本硕连读，本科毕业后可以选择就业或报考其他专业。 在升学方面院校会给强基生提供更多的优惠，但不是进入强基班的学生就一定能本硕博连读。许多高校在强基计划培养期间采取动态考核制度，不符合考核标准的强基生将无法继续在强基班学习；同时在转段时也有相应的转段考核，如果没能通过转段考核也是无法保研或直博，就只能选择直接毕业或者去考研了。
