婴儿脑膜炎的主要病因是病毒和细菌。 病毒： 非脊髓灰质炎肠道病毒，通过接触患者粪便、唾液、眼睛和鼻子分泌液而感染，这种感染较常见，但症状轻； 流感病毒，通过咳嗽、喷嚏和密切接触传播； 单纯疱疹病毒，通过接吻传给孩子，也可能在出生的时候被母亲传染上； 水痘-带状疱疹病毒，通过呼吸和接触传播； 麻疹病毒，通过呼吸、咳嗽、打喷嚏和共享用具传播； 腮腺炎病毒，通过呼吸、咳嗽、打喷嚏和共享用具传播； 西尼罗河病毒和其他虫媒病毒，经过蚊子叮咬而传播。 针对上面部分病毒有疫苗，接种疫苗是预防脑膜炎的主要手段之一，要按时接种包括麻疹、腮腺炎、水痘的联合疫苗或者分别接种，每年接种流感疫苗，如果因为孩子不到六个月而无法接种流感疫苗，周围的人要接种流感疫苗，孕妇要接种流感疫苗，这样就能够预防半数导致婴儿脑膜炎的病毒。 细菌： B族链球菌，可以在生产的时候从母亲传给孩子； 大肠杆菌，可以在生产的时候从母亲传给孩子或者吃污染的食物； 肺炎球菌，通过咳嗽和打喷嚏传播； B型流感嗜血杆菌（Hib），通过咳嗽和打喷嚏传播； 李斯特菌，通过污染的食物和患者粪便传播； 脑膜炎奈瑟菌，通过唾液传播。 不同年龄组细菌性脑膜炎的病因有区别，新生儿主要是B族链球菌、肺炎球菌、李斯特菌和大肠杆菌。婴幼儿主要是肺炎球菌、脑膜炎奈瑟菌、Hib、B族链球菌。青少年和青年人主要是脑膜炎奈瑟菌和肺炎球菌。成人主要是肺炎球菌、脑膜炎奈瑟菌、Hib、B族链球菌、李斯特菌。 疫苗同样是预防细菌性脑膜炎最主要的手段，接种Hib疫苗、肺炎疫苗、脑膜炎疫苗可以预防半数引起细菌性脑膜炎的细菌。
