有一次，徐树铮拿着福建省三个厅长的任命书来请大总统黎元洪盖章，黎元洪觉得蹊跷，“怎么一次换了三个厅长”，遂多问了几句。谁知，徐树铮竟不耐烦地说：“大总统问那么多干嘛？请赶快盖印，我忙的很！” 1916年的徐树铮可谓是春风得意，他的政治生涯达到了一个新的高峰。在段祺瑞的提拔下，他成为了北洋政府陆军部的二把手，位高权重，成为皖系的重要将领。那时的徐树铮意气风发，他天资聪颖，又在段祺瑞的栽培下了解军政之事，很快便在这个位置上如鱼得水。 然而，位高权重的徐树铮渐渐变得目中无人，他在军政大权在握后，行事武断专行，甚至连时任大总统的黎元洪都不放在眼里。有一天，他拿着三份福建省厅长的任命书，来到总统府找黎元洪签署。黎元洪见一下子要任命三位厅长，觉得事有蹊跷，便向徐树铮询问这三人的背景。 没想到徐树铮对大总统的提问非常不耐烦，他催促道:＂签字这事儿有什么好问的？您就赶紧盖个章，别耽误我的公务！＂徐树铮的傲慢态度彻底激怒了黎元洪，两人当即陷入了激烈的争执。幸亏总统府秘书长张国淦及时出面调停，这件事才没有闹得沸沸扬扬。 徐树铮在总统府如此嚣张跋扈，他与黎元洪的冲突很快传遍了北京城。许多军政要员对他的所作所为非常不满，纷纷上书弹劾，要求徐树铮辞职以谢天下。徐树铮的顶头上司段祺瑞深知此事若处理不当会殃及自己，但他也不愿贸然撤换心腹，于是想出了一个折中的办法，命徐树铮去欧洲考察军事，暂避风头。 就这样，徐树铮离开了是非之地，远赴欧洲。在异国他乡，他倒也没有虚度光阴，而是考察了德国等国的军事建设，学习了不少先进经验。等到考察归来，正值直皖战争爆发。徐树铮再次被委以重任，出任定国军副司令兼总参谋长，投身到这场军阀混战之中。 1917年春，中国政坛围绕是否对德宣战的问题爆发了激烈冲突。段祺瑞主张依靠日本的支持对德宣战，以谋求外交上的主动权和军事资源，但这一立场遭到时任总统黎元洪的坚决反对。徐树铮在这场争论中选择了与段祺瑞不同的立场，主张中国应在第一次世界大战中保持中立。他认为参战会加深对外依附，不利于国家长远发展。然而，段祺瑞并未采纳这一建议，而是于3月14日单方面宣布与德国断交，并在5月1日操控国会通过对德宣战案。 这一决策使府院矛盾进一步激化。黎元洪拒绝批准宣战案，并利用美国公使芮恩施对他的支持，开始反击段祺瑞。在民众对段祺瑞向日本借款一事的强烈不满中，黎元洪借助舆论压力，于5月18日罢免了段祺瑞的总理职务。段祺瑞被迫离开北京，暂居天津，试图伺机东山再起。 此时，徐树铮的角色从政见争论转向对段祺瑞的全力支持。作为段祺瑞麾下的重要幕僚，他不仅积极为段祺瑞恢复权力奔走，还直接参与了北洋军阀的关键会议。1917年5月，徐树铮参加了长江巡阅使张勋在徐州召开的督军团会议。徐树铮洞悉张勋试图通过调停府院之争扶植清朝逊帝溥仪复辟的计划后，将这一信息传递给段祺瑞。段祺瑞遂决定暂时不公开反对复辟，以静待时机。段的策略是，待张勋复辟成功后，再以“讨逆”名义出兵，借机重掌大权。 7月1日，张勋果然扶植溥仪登基，企图恢复清朝。这一举动虽在北洋军阀中引起震动，但却为段祺瑞提供了绝佳的政治机会。7月3日，段祺瑞在马厂誓师，自称讨逆军总司令，正式宣布讨伐张勋。徐树铮在这场政治博弈中继续发挥重要作用。他并未留在段祺瑞身边，而是迅速南下，前往蚌埠、南京等地，游说北洋军阀中的关键人物倪嗣冲、冯国璋等反对复辟计划。徐树铮的游说不仅迅速整合了反对复辟的力量，还为段祺瑞讨逆行动的顺利展开提供了政治支持。 短短数日内，讨逆军以压倒性优势击溃了张勋的部队。7月12日，复辟彻底失败，清廷被迫再次退位。这一胜利使段祺瑞重新掌控局势，并以“三造共和”之功再次出任总理。而徐树铮在这一系列行动中所发挥的作用，令许多人深感钦佩。正如徐的朋友陈兴亚所言，段祺瑞之所以能够恢复权力，很大程度上归功于徐树铮的运筹帷幄和关键性支持。 从府院之争到复辟风波，这一段历史不仅展现了中国近代政治格局的复杂性，也体现了徐树铮在北洋时期独特的政治地位。他在关键时刻展现出的灵活应对能力和政治嗅觉，为段祺瑞的东山再起奠定了基础。然而，这一切也暴露出北洋政府内部的矛盾与脆弱。以武力和政治谋略解决争端的方式，虽然能在短期内平息冲突，却未能从根本上缓解国家在体制、理念和资源分配上的深层次问题。
