1950年5月，策动汤恩伯起义遭到出卖的陈仪，在台湾接受审判。顾祝同为审判长，蒋鼎文为监斩官。6月，陈仪被判处死刑，这让顾祝同和蒋鼎文都非常的为难。 陈仪是国民党元老，资历很深，这次被判死刑，在国民党内部争议是很大的，不少人都鄙夷汤恩伯的为人，认为在大势已去的情况下，你汤恩伯可以不起义，但是也不应该主动去告发陈仪，陈仪对汤恩伯又知遇之恩，是其恩师和义父。 蒋介石对陈仪是恨之入骨，在他的严令下， 陈仪被判死刑。顾祝同、蒋鼎文虽然不敢违抗命令，但是两人一商量，认为，陈仪毕竟是国民党的二级上将，执委，不忍心对他五花大绑，游街示众，招致羞辱。耐人寻味的是，在执行的前几天，蒋介石不知是故意躲避，还是怕人说情，始终无法联系上。顾祝同、蒋鼎文一合计，决定对陈仪秘密处决。 蒋鼎文精心选派了几个士兵，给他们交代一项秘密任务，让他们事先到台北市郊永和的竹林深处挖好一个大坑，并准备好一只运送公文到台湾的樟木箱，而且指定要散发出香气的老樟木箱，还要挑选一只最大的。不准走漏任何风声，否则军法从事。 行刑前夕，蒋鼎文与陈仪有一番凄然的对话：“公侠先生，请问还有什么事情要交待？” 陈仪说：“铭三兄，我认命了。看在多年的共事分上，求你给我一个好死，不要受辱，痛快一点。” 蒋鼎文叹了口气说：“我不会为难你，我也不会公报私仇，请问你走时穿军装还是穿其他衣服？” 陈仪说：“不，我不穿军装，穿军装伏法会玷污军人。我要穿白色的西装，戴上礼帽，系好领带，整整齐齐地走。希望你能满足我最后的请求。” “公侠先生，我答应你。”蒋鼎文特意嘱随从为陈仪沐浴更衣，并送上美食美酒，然后让他不穿囚衣，不上镣铐，让他从容照镜整容，着一袭白色西装，系一条花色领带，戴一顶黑色礼帽，再押赴台北市郊马町场行刑。 陈仪穿戴整齐后，蒋鼎文按照军人的方式向陈仪行了个军礼，作了最后的送别。然后命令行刑士兵，务须一枪穿胸毙命。陈仪晚节可风，以别样的尊严告别人世。 然而后事的安排发生了意想不到的波折，原来樟木箱够大够深，可就是长度不够，怎么放也无法把陈仪的身躯平整地放下。蒋鼎文再次念念有词：“公侠先生，对不住了，我能做的只有这样了。” 于是士兵将陈仪曲身躬背放入樟木箱，用最快的速度运至永和竹林深处掩埋。当日，蒋介石露面了，蒋鼎文、顾祝同一道向他作了汇报，并送上行刑现场的照片，向他说明陈仪后事的处理经过，蒋介石听后，不置可否。 事情本该到此画上句号，可是在陈仪死后，却是流言四起。有人说活要见人，死要见尸，哪有这样秘密枪决人犯的，还有人说蒋介石与陈仪私交深厚，是他悄悄地把陈仪流放到日本。 一时传言纷纷，蒋介石不得不迅速出来说话，说：“我让顾墨三、蒋铭三二位上将办理陈仪这个案子，他们两个做事绝对可靠。再说铭三上将与陈仪还有说不清的恩怨，即使我有放人之心，铭三这个牛脾气也不会答应。” 蒋介石提及的陈仪和蒋鼎文的恩怨，指的是1934年1月，“福建事变”失败后，自以为立下大功的蒋鼎文，福建省主席非己莫属，不料蒋介石派陈仪空降福建任省主席，与蒋鼎文搭档。当蒋鼎文出任福建绥靖主任后，省主席要纳入绥署属下，陈仪心有不甘，两人龃龉多了起来，互相向南京去电指责对方，陈仪斥责蒋鼎文跋扈自雄，蒋鼎文则指责陈仪不懂军事。 有一个说法是，蒋鼎文由于和陈仪恩怨极深，所以在审判时故意置陈仪于死地，这其实还真是冤枉了蒋鼎文。其实，两人的恩怨并没有说得那么大，在1939年蒋鼎文出任第十战区司令兼陕西省主席后，陈仪给蒋鼎文发出一封“声情并茂”的贺电，蒋鼎文也回电感谢，两人当时的关系已经修复了。而在审判陈仪时，蒋鼎文并没有落井下石，反而和顾祝同商议，如何尽量保全陈仪这个元老的颜面。 对于陈仪的处决方式，陈仪的亲信部属也感满意，认为对陈仪行刑时非但未穿囚衣裳，不加脚镣手铐刑具，更无任何罪状标示，还允许沐浴净身，穿上全套整洁西装，自行迈步登车驶赴刑场，蒋鼎文已经在职权范围内，给足了关照。 后来为平息风波，蒋介石下令，将陈仪尸体重新挖起，置放殡仪馆，事情才算消声，同时陈仪尸体由其弟目睹火化后，葬于台北郊区。 陈仪死后，汤恩伯名声扫地，何应钦曾当面对陈仪的家人说：“公洽太天真了，他给汤恩伯的信，连我都收到了复印件，他早就被人卖了。” 蒋鼎文在茶余饭后中，提及此事时，曾多次表示，对于汤恩伯出卖陈仪，他是非常看不惯的，对于陈仪，他动了恻隐之心，不忍落井下石，当他把内心的想法告诉顾祝同后，也获得了顾祝同的呼应，于是在行刑时，给了陈仪尽可能的体面。
