1955年5月25日，郭廷亮被抓，紧接着，大批与孙立人来往密切的军官相继被捕，一张针对孙立人的大网拉开了。 时任国民党第九军第二处上尉军事情报官的刘凯英当天去郭廷亮家，吃饭时出去一会，再回来时，郭廷亮已被“请”走，当看到有2个陌生人上来问话，身为情报官的他一看情形不对，立即开始逃走，他曾去孙家向孙立人报信。孙立人要刘凯英回部队，并给了他一些路费，两个星期后，刘凯英被捕。 郭廷亮被捕时，身上装有一本电话簿，上面记着一些亲友的名字，这成了蒋经国手下情报人员所谓的“线索”，一时间抓捕了300多人。那段时间台湾的国民党军中人心惶惶，稍有不慎，就有可能成了孙立人的“爪牙”。有时候潜藏的情报人员引着大家发牢骚，这边发完，那边就成了抓捕对象。 孙立人案刚发生时，一个士兵向连长陈洪玲报告，诉说孙立人的“劣行”，陈洪玲叫这个士兵不要听信传言。没想到这位就是隐藏的情报人员，陈洪玲就因为这么简单的一句话而随之被捕。 1956年2月6日，有35人以“郭廷亮匪谍案”被起诉，9月29日宣判，其中：郭廷亮先被判死刑，同一天由蒋介石特赦减为无期徒刑，江云锦、王善从、田祥鸿、孙光炎、刘凯英各15年刑期，王学斌、赖卓先各12年刑期，陈良埙8年刑期，邓光忠、李仲瑛、杨永年、冉隆伟、王其美、张茂群各10年刑期，另外20人以违背职守罪均判3年。 由于证据实在不足，所以在1959年上半年，判刑3年的，全部释放，之后除郭廷亮、孙光炎之外的13人，也都被释放。郭廷亮是“孙案”的核心人物，背负着太多秘密，不能随便释放；孙光炎性格刚烈，因为在狱中也见不得别人说孙立人坏话，还同别人争辩，结果被打得很厉害，最后发了疯，没有人愿意接他出狱。 为了制造孙立人“兵变案”的实际证据，在原定1955年6月6日蒋介石前往南部进行检阅那一天，也就是传言所谓孙立人要趁机实行兵谏那一天，蒋经国亲自布置了一出“双簧戏”。 根据亲自参加演习的张瑞峰的口述经过，所谓南部兵变极大可能是炮制的。蒋经国让手下出动，先在屏东农校，集中300人，都是15至20岁左右的士兵，这些士兵是从军、师中的卫生队直属单位抽调来的。因为卫生直属单位没有军训班同学当排长，其他部队都有军训班同学当排长，而制造假象者有所恐惧，故而抽调卫生兵。 300名士兵聆听蒋经国训话，蒋经国说：“现有丧心病狂的高级将领，要在检阅时谋刺总统，你们是部队的忠贞分子，总统的安全要靠大家的保卫。” 随后，这些卫生队员编成小组，每组4名，另外加2名宪兵，担任机场的战备检查员。6月6日上午，检阅部队进入北机场时，检查小组检查出有士兵在背包内装稻草，稻草下放弹药，检查小组的宪兵紧急迅速地将他们带上卡车。按照规定，校阅时不能带弹药，而这些被捉走的人，反而谈笑自如，毫无惧色。 亲历者张瑞峰当时是卫生兵，他奉调参加演习，对这情况感到奇怪，认为有问题。几十年后，张瑞峰公开直言说：“这事我在30多年前就知道是假的。” 在6月6日这天，特务头子谷正文还装模作样派了100多名保密局人员在虎头埤守候一天，准备围剿架炮准备攻击机场的“叛军”，不存在的事情，自然是毫无所获。 被“指认”参与兵变的上尉通信官赖卓先被捕，在接受情报局长毛人凤的亲自审问时，面对兵变指控，赖卓先义正词严地指出：有三点事实证明，绝无发生兵变的可能，第一，凡是参加亲校部队，为了阵容排面整齐，把原有的建制打散，临时重新编成校阅的队形。表面上站在校阅场上是一个连、一个营、一个团，而实际上那个连、营、团的官兵，都是新编成在一起，彼此都不熟识，上下情意也不可能事先有所沟通，而且各个士兵校阅时持有的武器，与平时使用的武器又不尽相同，如一位机枪兵，因临时编组成六○炮手，他又怎么会使用六○炮呢？像这样临时编组而成的部队，怎可串通起来实行叛变而挟持蒋介石呢？ 第二，凡是参加校阅的部队，只准携带编制的武器，却严格规定不准携带子弹，自动武器连弹夹都不准携带，甚至不准个人携带钢笔、戒指、笔记本、硬币等日用品，连军便服所有的口袋均须缝上，先由各队军事干部严密搜查，最后各级政工干部再行复检，同时规定各班的政治战士，须互相监视，有无人违规。如此有枪无弹的部队，人数虽多，还能兵变么？同时还有一个实枪实弹的宪兵加强营，在场保护‘总统安全，而有枪无弹的受校官兵敢起来叛乱么？ 赖卓先最后愤怒地说：“第三，你们既然把我抓起来，必认为我有嫌疑，实则屏东亲校，我已奉命留守，这是有案可查的，怎说我参加兵变呢？” 毛人凤被赖卓先说得无可应答，另一方面，蒋经国、毛人凤等人加大了对郭廷亮等人的审讯。郭廷亮被捕当天即被严刑逼供，10天后奄奄一息才被放下，但是郭廷亮居然扛住了。 尽管孙立人的“兵变案”难有确凿证据，但是蒋介石、蒋经国炮制的大网既然已经拉开，断然是不会收回去的，不久后孙立人被迫辞职并被软禁，这一关就是33年。
