1939年，刘峙就任重庆卫戍总司令之职，他就任不久派出高级参谋，用换帖拜把手腕，与川军邓锡侯、潘文华、刘文辉结为拜把兄弟，并派川军李根固为重庆警备司令。刘峙自己兼任重庆防空司令，组织工程处，构筑对空防御工事，大挖防空洞。 当时防空司令部使用气球为防空警示，升一个叫预备警报，升二个叫紧急警报。刘峙派人在重庆校场口石灰市挖了个最大的防空洞，可容纳几千人，有两个进出口。 1941年6月5日，日军第一、二批飞机轰炸后离去，第三批刚从武汉起飞。因此，只放出一个气球。躲在防空洞里的人都出来透空气，在两个进出口的边坐的坐，睡的睡，突然又升上一个气球，飞机响声也传来了。于是大家急忙向洞里钻，忽然前面有人跌倒，后面的人继续往前拥，不少人受伤；外面往里挤时，里面人感觉气闷又往外挤，把洞口堵死。由于通风口太小，同时又没有人维持秩序，许多人都闷死在洞里。 事后，刘峙成为过街老鼠，人人喊打，最后由吴铁城担任审判长，就在都认为刘峙要被严查时，不料何应钦、钱大钧先后打电话告诉吴铁城说：“刘峙是二级上将请你们不要乱来。”因此，最后只把刘峙的防空司令兼职撤掉，草草了事。 抗战末期，蒋介石为要架空李宗仁，把李宗仁由第五战区司令长官明升暗降为汉中行营主任，名义上指挥一、五两战区，实际上叫他坐冷板凳。为什么又把刘峙调去当五战区司令长官呢？因为该战区有两个资格很老的上将孙震和刘汝明，非要一个资格比他们老的二级上将不能指挥他们。 1945年2月，刘峙从重庆飞到老河口接任五战区司令长官。接替何应钦的军长部长陈诚怕刘峙不能指挥对日作战，加派一个参谋长郭寄峤做刘峙的副手，同时又加派一个赵子立任参谋处长（后升中将参谋长）。刘峙到任不久，日军就攻陷老河口，刘峙只好退驻草店，与日军在汉水隔岸相峙。日本投降后，刘峙才把总部从草店迁到洛河准备受降。日军的将领本想把郑州、开封、商丘、新乡交给五战区接收，但重庆方面不肯，命令一战区的胡宗南接收。 解放战争初期，刘峙任郑州绥靖公署主任，指挥军队沿平汉北线进犯解放区。不料一败再败，刘峙被暴怒的蒋介石撤职，他带着三姨太黄佩芬到南京后，仅被发表为上将战略顾问。 刘峙只好闲居上海迪化路公馆里过寓公生活，对好友发牢骚说：“委员长是天下为私。” 1948年的一天，何应钦从美国回来，刘峙去虹桥机场迎接。何应钦下机后，笑容满面地与欢迎他的刘峙、顾祝同、钱大钧、蒋鼎文等人握手言欢，顾祝同对何说：“辞修也来欢迎敬公了，现在汽车里等候你。” 何应钦马上赶到陈诚汽车旁，笑着说：“辞修兄你也来了，真不敢当！”二人寒暄后同坐汽车驰入市区，第二天刘峙设宴为何应钦洗尘。 何应钦资历高于陈诚，对陈诚待在车里的行为内心是不满的，刘峙也是不快，对何应钦说：“这个小委员长（指陈诚）搞得稀巴烂。” 不久后，刘峙兴冲冲地从南京回到上海，对亲信唐志华说：“总统召集最高国防会议做了决策，何敬公不愿当行政院院长，愿屈居国防部部长。叫我到前线去指挥，特派我为徐州剿总总司令，坐镇徐州。” 说完，刘峙拿出一份徐州剿总编制表给唐志华看，并说：“拟委你担任总务处副处长兼第二科科长。关于总务处五个科的人事，由你去安排。打算叫第二十九师师长胡佛来担任处长，在他未到任前由你代理处长。希望你同我一道去接事。” 唐志华听后很犹豫，说：“我在上海的益成公司铺得太开，一时不易收束，恐怕我到徐州去不能胜任，有负委命。” 刘峙的三太太黄佩芬听后，认为唐志华是在讨价还价，马上接着说：“胡佛来当处长是一个过渡，他是要带兵的。几个月后，少将处长还不是你当的吗？希望你同去徐州，不要再考虑了。这个总务处是副官、经理两处合并的，职权范围很广。因为胡佛来是黄埔四期学生，又当过师长，用他是专门对外联络的，实际工作是由你负责的。” 1948年6月，刘峙在徐州就任，开始部署总部事宜，实际上当时的刘峙也知道大势已去，他也无法驾驭徐州的邱清泉、李弥、孙元良这些悍将，只是硬着头皮做最后之挣扎。 刘峙公开发牢骚说：“我是一个高级传令兵。”因为徐州一举一动，刘峙都要随时向南京的蒋介石及何应钦、顾祝同请示，批准后方可执行。 后来刘峙在前线亲眼看到高级将领互不团结，中级干部离心离德，基层官兵军心涣散，加之平原地带不易防守，便和参谋长韩德勤商量，再拟一个作战计划。蒋介石得知，痛骂了刘峙一顿，马上派杜聿明前来协助刘峙作战。淮海战役打响后，解放军攻势凌厉，国民党军连连失利，至11月下旬，徐州吃紧，刘峙奉命退驻蚌埠。 淮海战役结束后，刘峙由蚌埠逃到南京，挨了蒋介石一顿骂后，带着黄佩芬经上海、南昌、吉安、广州逃往香港，之后又跑到印尼的当了华文老师。后来，何应钦、顾祝同向蒋介石说情，说一个二级上将跑到印尼教书，实在是不像话，刘峙这才得以跑回台湾，度过余生。
