1948年3月，蒋介石让邓锡侯从四川给胡宗南提供十万石军粮和十二万壮丁，邓锡侯回绝说：“四川在抗战期间提供了大量的粮食和壮丁，付出巨大牺牲。如今抗战胜利，再大肆征调，会失掉四川民心。” 老蒋见邓锡侯这么不配合，撤掉了他四川省主席的职务，选择听话的四川老牌军阀王陵基接任。王陵基并不愿意就任，一来，他江西省主席当的好好的，好不容易编练了几万人的保安部队；二来，他资历虽深，名声却不佳，和四川的大部分军阀关系一般，自感到四川后，难以驾驭局势。 王陵基去南京见老蒋，想要推迟上任，老蒋却严令他一周之内赶赴四川上任。 心灰意冷的邓锡侯，在王陵基到后，以“养病”为由，去上海闲居了一段日子，期间他去见了民盟负责人张澜，诉说了心中苦闷，张澜对他说：“丢了省主席不打紧，但你手上一定要掌握部队。” 老蒋为了扶持王陵基，对抗刘文辉、邓锡侯、潘文华等川系军阀，又给了他四川保安司令的头衔，王陵基借此提出要“整顿”川军部队，将不合格的冗兵冗员裁撤，编入保安团队。 川军95军，是邓锡侯的老部队，王陵基在老蒋的授意下，强令该军缩减编制，在遭到军长黄隐拒绝后，王陵基强行将该军的补给削减一半。黄隐大怒，想召集所部官兵抵制，邓锡侯密见黄隐，让他不可因小失大，暂时隐忍，以待时局变化。 1949年4月初，眼见解放军渡江在即，东南难守，老蒋将防御的重点放在了西南，下令将重庆绥靖公署升格为西南军政长官公署，张群为长官，钱大钧、贺国光、邓锡侯、杨森、王缵绪、潘文华、孙震、唐式遵等人为副长官。 副长官中，除了钱大钧、贺国光外，其余都是川系将领，这是老蒋想利用四川军阀为他卖命的一种手段。邓锡侯以“身体有恙”为由，并不去上任，进行软对抗。 解放军发起渡江战役后，很快解放了南京，进而席卷东南。这时的邓锡侯，一面对老蒋和国民党失望，有起义的打算，但另一方面，他又认为自己有大军阀、大官僚、大地主的“三重身份”，担心不会被接纳。 为了加速四川解放的进程，地下党、进步人士都纷纷在做川系军阀的工作，劝说他们起义，邓锡侯就是重点的策反对象。 一天，邓锡侯和好友、时任民盟西南支部主任委员的潘大逵聊天时，讲了自己的苦闷和顾虑，潘大逵说：“蒋介石对川军向来歧视，你跟着他走，最后无非是去了台湾。你在台湾无根无据，一旦去了，会有好果子吃吗？” 邓锡侯说：“这几年在打压下，我的部队所剩无几，即便我想起义，也掀不起多大动静。” 潘大逵说：“刘湘死后，川军将领大都以你为首，你只要带头起义，无须有多大军事上的成果，仅政治上的意义就是重大的。别看胡宗南的大军开到了四川，等解放大军一到，必然是土崩瓦解，到时候你趁机起义，不会有多大危险的。” 邓锡侯说：“一人难以成事，若能和自乾（刘文辉的字）、仲三（潘文华的字）联合，那就大事可定。” 潘大逵说：“事不宜迟，应该从速联系。” 邓锡侯随后秘密去见了刘文辉、潘文华，两人均表示愿意和邓锡侯同生死，共进退，这让他心里的石头落了地。 1949年12月初，张群受老蒋的指示，分别去见邓锡侯、刘文辉，让他们把家人送去台湾，遭到两人婉拒。 12月7日清晨，胡宗南派亲信盛文去接管成都的城防，同时，邓锡侯、刘文辉接到俞济时打来的电话，说老蒋下午要见他们，有要事商量。 邓锡侯和刘文辉商量后，认为城防司令换成盛文，老蒋又突然要召见，恐怕这是要对他们动手，最大的可能就是强行将他们送去台湾软禁。 在这个时候，若还不做决断，那就只能等死了，两人约定，各自寻找机会离开成都，在北门外几里处的城隍庙见面。 邓锡侯叫来司机，带着两个亲信，以出城打猎为由，顺利出城。刘文辉安顿家里人，花了一点时间，他到北门的时间比邓锡侯晚了一个多小时，不知为何，这时北门如临大敌，加强了守卫。刘文辉不敢从正门走，带着副官悄悄来到城墙的一个豁口，翻了过去。 比刘文辉早到城隍庙近两个小时的邓锡侯，等待的过程让他极为煎熬，当刘文辉终于出现后，他长出了一口气。会面后的两人，马上离开城隍庙，中途在川军团长奉伯常派人护送下，来到新繁县的龙桥。 老蒋得知刘文辉、邓锡侯逃离成都后，把胡宗南叫来臭骂一番后，又派川军王缵绪去试图劝回刘文辉、邓锡侯。 王缵绪对两人说：“这一切都是胡宗南换防引起的误会，蒋总裁让我转告，说西南的军政还要仰仗二位，二位跟着我回成都吧。至于王陵基，若两位对他不满，总裁答应马上撤换。” 刘文辉、邓锡侯好不容易脱离险境，怎么可能回去呢。王缵绪见软的不行，就以威胁的语气说：“总裁有令，两位若不回去，那么将会让胡宗南调集大军过来消灭你们。” 邓锡侯冷笑说：“胡宗南恐怕自身难保，他要敢打，那就过来。” 王缵绪见状，只得悻悻离开。12月9日，刘文辉、邓锡侯、潘文华率川军两个军在彭县通电起义。 12月30日，邓锡侯等起义将领，在解放军入城仪式上，热烈欢迎和贺龙司令员等首长的到来，迎来新生。
