1948年7月，第十绥靖区李玉堂部在兖州被解放军包围，刘峙急电吴化文率部救援。吴化文的妻弟林世英劝他说：“这次兖州之行，你如果继续助蒋为恶，后果将自食。” 在刘峙、王耀武的连番催促下，吴化文很不情愿的带着整编九十六军的主力，向兖州方向开进。 一路上，吴化文牢骚满腹，对亲信说：“李玉堂在兖州有近三万人，这才打了几天就叫嚷着守不住了，等我们赶到，若兖州已丢，岂不是自投罗网。” 当到了泰安，吴化文得知除了他外，并无其他部队去救援兖州后，让部队减缓行军步伐。就这样走走停停，以观局势变化。 7月13日兖州解放，解放军马上向吴化文部包抄前进。吴化文见势不妙率部向济南逃窜，在追击战中，吴部的161旅被解放军全歼。 回到济南后，心情郁闷的吴化文叫来田向前（吴化文的连襟，少将高参）等人喝酒聊天，期间，山东省主席王耀武打来电话，吴化文火气很大，说了没几句就挂了电话。 田向前说：“大哥，王耀武好歹是济南的最高长官，你这样撕破脸恐怕不好吧，还是冷静一下。” 吴化文愤怒的说：“一个旅的部队，一天就报销了，用不了多久我就成光杆司令了。” 过了几个小时，正当吴化文和田向前等人喝的醉醺醺，准备结束之时，王耀武派副官给吴化文送来一封电报，电报是南京“国防部”发来的，内容大意是吴化文的整编九十六军在救援兖州过程中积极作战，付出不小的损失，特此嘉奖。 吴化文笑着对田向前说：“这个王耀武确实会做人，竟然从南京活动来了嘉奖电报，这么一来倒是我的不是了。” 过了一会，在其他人都离开，只剩下吴化文和田向前后，吴化文表情严肃的问：“老弟，你向来有主意，说一说你的看法。” 田向前说：“山东基本快丢光了，济南这座孤城早晚也是要丢掉的。我们是杂牌军，入不了南京的眼，你得给这二万多兄弟们寻条后路啊。” 最后，田向前又叮嘱吴化文说：“你挂王耀武的电话实在不应该，表面上对他还是要客客气气。” 王耀武为了安抚吴化文，给吴部调去几千保安部队，让他重建被歼灭的161旅。吴化文随后叫来团长赵广兴，当着众人的面痛骂一番，并给了几个耳光。了解吴化文的人，估计赵广兴要升官了，因为吴化文有个习惯，若要提拔某人，往往都会叫来收拾一番，若此人不反抗表现恭顺，那么就算过关了。 果不其然，几天后，吴化文报请王耀武同意后，让赵广兴当了旅长。赵广兴当了161旅旅长后，吴化文在一次军事会议上，对众人说：“你们若都像赵广兴这样，那我就放心了。” 吴化文在起义前，为了保密，只告诉了极个别亲信，田向前就是其中之一。吴化文的四姨太太宁宜文，是田向前妻子的姐姐。田向前追随吴化文多年，又有连襟这层关系，属于绝对信任的人。 9月15日，吴化文的父母以及三姨太林世英、四姨太宁宜文等人，均被转移到了安全的地方，这就使吴化文发动起义没有了后顾之忧。 9月19日夜，吴化文召开团以上军官会议，他说：“我吴某如果为自己考虑，完全可以坐上飞机逃走，到时候吃喝玩乐一辈子不发愁。为了两万多弟兄的前途，我决心起义。” 第二天，吴部向解放军让出阵地，开到指定地点接收改编。起义部队被改编为解放军35军，吴化文任军长，杨友柏任副军长兼103师师长，赵广兴为104师师长，何志斌为105师师长，军政委由解放军派来的何克希担任。 在部队改编后，吴化文在一次会议上说错了话，闹了一场不大不小的风波，他说：“我们接受改编，是一件大好事，但一定要和过去划清。过去的我们好比妓女，不停的换人，现在‘从了良’，就不许再有其他想法了。” 吴化文的这个比喻，引起会场的骚动，大家议论纷纷，杨友柏怒火中烧，站起来大声说：“兄弟们跟着你多年，你却骂我们是妓女，这会还有什么开头。” 接着，有不少军官也纷纷指责吴化文，最后暴怒的杨友柏不待会开完就径直离开了。吴化文见状，只得对大家作了检讨，说他不会说话，比喻的不恰当。 王耀武被俘后，给吴化文写了一封信，里面有一句：“君为座上客，弟为阶下囚。” 吴化文拿着信对田向前等人说：“这个王耀武，这会想起埋怨我起义的时候不告诉他，你们也是知道的，他当时可是顽固的紧，我要是真的提前告诉他，早就被杀掉了。” 田向前后来去了军事院校当教员，他和吴化文时常通信。有一次，吴化文给田向前写信，表达了想复员的意愿，并说自己很孤独。 田向前回信说：“你不要胡思乱想，你在山东当伪军的时候，制造过无人区，手上有血债。若不是你在关键时刻起义，早就被人民惩罚了，你应该珍惜眼下的生活。“ 1950年11月，吴化文的复员申请得到批准，转去地方任职，先后担任浙江省交通厅长、省政协副主席、全国政协委员等职务。 吴化文曾去上海治病，山东群众代表去见陈毅要求杀吴化文以惩治其制造多个无人区之罪。 陈毅说：“吴化文若不起义，解放济南就要多牺牲许多人。” 群众代表被劝走了，吴化文得知后热泪盈眶。1962年4月，吴化文病逝，终年58岁。
