1945年9月29日深夜，杜聿明下令将昆明的滇军缴械并困住龙云，邱清泉说：“命令太突然，时间来不及。” 杜聿明说：“一切行动步骤，按照之前沙盘上的演习执行。” 邱清泉等人恍然大悟，马上回去指挥部队。 在对付龙云之前，蒋介石飞去西康省府所在的西昌去视察。老蒋去西昌有两个目的，其一，西康省主席刘文辉和龙云关系密切，常有电报往来，有老蒋到西昌“坐镇”，在杜聿明对付龙云时，刘文辉不敢有异动；其二，龙云是地方大员，无过错贸然处置，是会引起非议的，老蒋以“休养”的名义，跑去西昌暂住，做出一副置身事外的姿态，到时候，再把板子打到杜聿明身上就行了。 老蒋住到西昌后，写了一封亲笔信，他不放心别人，让航空委员会副主任王叔铭亲自驾驶飞机去昆明，当面交到杜聿明手中。 在信的最后，老蒋又叮嘱杜聿明，让务必“保证龙云的生命安全”。杜聿明看完信后，傻眼了，因为以他对龙云的了解，必然不会轻易就范的，可若执行老蒋炮轰五华山的命令，龙云被炸死炸伤的可能性不小。 杜聿明反复考虑后，给老蒋写了个回信，让王叔铭带去。杜聿明在信中除了保证一旦发起军事行动，五个小时内定可控制昆明，围住五华山外，还向老蒋提出，为避免误伤龙云，对五华山不直接动用重武器，只以火力封锁出口。 29日深夜，杜聿明召集第五军、青年军207师、宪兵团的主要部队长开会，向他们直接宣读了行动计划，主要包括：邱清泉指挥第五军解除昆明城内滇军暂24师等武装，控制城区，同时封锁五华山；罗又伦指挥青年军207师，解除昆明城郊及周边的保安部队武装；宪兵团控制出昆明的铁路、公路等要道；昆明机场守备司令郑庭笈，严查往来乘客，防止龙云化装逃走；昆明防守司令部的通讯营，负责切断龙云一切对外联系方式。 为了以防万一，杜聿明将基干部队第五军的二百师留做预备队，由师长熊笑三指挥，以应对突发状况。 针对龙云的军事行动，杜聿明已策划数月，但出于保密，他连邱清泉罗又伦等第五军系统的骨干都没有说，因此，当杜聿明突然部署了军事行动后，各部队长都是一脸茫然。 邱清泉忍不住问：“这都马上快到凌晨了，仓促之间，恐怕难以执行？” 杜聿明听后，说：“你们照搬之前沙盘演练的步骤就行，不会来不及的。” 原来，杜聿明在一个月前，以“演习”为由，进行了为期二十多天针对昆明的沙盘演练，并亲自到各部队给中下级军官讲解。 邱清泉等人松了口气，纷纷回去执行各自的任务去了。到了第二天凌晨五点，杜聿明见各部队已集结到预定地点，便下令行动。 寂静的昆明城内，突然间枪声大作，但很快却又转为零星。昆明的滇军武装，在第五军、青年军207师优势兵力、火力的压制下，加之又被打了一个措手不及，或缴械或奔逃。 本来，杜聿明的计划是五个小时内解除滇军武装，控制昆明，但不到两个小时，就提前达成了目的。 龙云的住所离五华山不远，他被枪炮声惊醒后，从后门逃上了五华山，不久后龙绳祖、滇军元老张冲也上山和龙云会合。 龙云从龙绳祖口中得知滇军暂24师已被缴械后，便给云南各地的专员、县长发去电报，称杜聿明“叛变”，让他们带着保安部队驰援昆明。 由于杜聿明派出的通讯部队，已控制了电报局、电台，并剪断了五华山对外的电话线，龙云的电报未能发出。其实，即便电报发出，作用也不大。滇军暂24师，不到一个小时就被解除武装了，地方那些没有多少战斗力的保安部队，又能起多大作用呢？更何况，杜聿明在行动的同时，已经将重庆解除龙云军政职务的命令，发往云南各地了，在这种情况下，恐怕没几个专员、县长会带兵主动“勤王”的。 老蒋让云南民政厅长李宗黄代理省主席职务，李宗黄和龙云有隙，在见到杜聿明后，鼓动说：“龙云这个独眼龙，不给点颜色是不会回头的，应该马上打上山去，以武力逼他就范。” 龙云在五华山的部队，只有一个警卫营，围山的第五军如果强攻，也就个把小时解决战斗，但杜聿明却不愿意这么干，担心攻山时误杀了龙云，那就不好交待了。 老蒋在西昌来电催问进展，杜聿明回复是龙云被困在五华山尺寸之地，迟早要离开昆明，不宜再采取武力。 见杜聿明已顺利控制昆明，老蒋便让何应钦去劝龙云就任新职。何应钦到后，很自负的对杜聿明说：“叫你们不要胡闹，现在出了事，骑虎难下了，又要我来善后。” 不料，心中愤恨的龙云，拒绝见面。碰了钉子的何应钦，尴尬的对杜聿明说：“还好解除了他的武装。” 龙云也知道，再拖下去凶多吉少，便提出让宋子文前来会面，以担保他的安全。 10月4日，龙云在何应钦、宋子文的陪同下，同乘一架飞机去了重庆，结束了十几年的“云南王”岁月。
