1938年8月，在王缵绪担任四川省主席后，川军彭焕章等七个师长联名抵制，做出进军成都的架势。蒋介石大骂说：“这几个烂师长又出岔子了。” 刘湘病死后，老蒋迫不及待的委任张群为四川省主席。张群虽是四川人，但却是老蒋的结义兄弟，川军将领群起抵制，王陵基更是放出话来：“张岳军要敢到成都来上任，我就拿大炮、机枪伺候。” 老蒋无奈之下，只得让川军元老王缵绪代理四川省主席，但这并不是个好的人选。 抗战爆发后，刘湘率川军主力出川作战，留守部队计有五个师、两个独立旅及十几个保安团，在刘湘死后，其留在四川的部队，便由亲信潘文华统率。 老蒋对潘文华采取两面手段，一面将他提拔为二十八集团军总司令，一面却极力不让他参与四川的军政。 王缵绪当了省主席不久，探听到了一个消息：云南省主席龙云，在去重庆开会期间，偷偷去了一趟成都，暗中约见了西康省主席刘文辉及邓锡侯、潘文华等川系将领，签订了云南、西康、四川“三省联防”的密约。 王缵绪将情况电告老蒋，被潘文华总部的电台截获。潘文华、刘文辉、邓锡侯对王缵绪的出卖大为愤慨，密商后，指派彭焕章等七个师长出头，列举了王缵绪的诸多“罪状”，扬言若王缵绪不下台，那么七师长就会兵发成都。 老蒋气得大骂说：“这几个烂师长，又出了岔子。” 老蒋骂归骂，但也不想因维护王缵绪而引发川军内讧，于是便免去王缵绪省主席的职务。为了避免再起争端，老蒋自己兼任四川省主席，日常事务由省府秘书长贺国光代为处理。 “委员长”当了省主席，其他人也就不好再说什么了。事后，老蒋想要惩处彭焕章等七个师长，潘文华主动站出来说：“带头的彭焕章是我的部下，要处理的话，请先处理我。” 刘文辉、邓锡侯也去电老蒋，自请处分。老蒋见状，也就谁都没有处理，算是不了了之。 老蒋为了截断三人的联系，将邓锡侯、潘文华更改防区，其中，潘文华被任命为“川陕鄂边区绥靖主任”，驻地为阆中。 刘湘在临终前，叮嘱前来探望的潘文华说：““蒋介石这个人无论话说得好甜，决不能信赖。” 潘文华始终记着刘湘的这句话，面对老蒋的或拉拢或制衡，总是保持警惕之心。 1944年12月，潘文华突然接到老蒋急电，让他务必来重庆一趟，有要事相商。潘文华到重庆已是傍晚，得到消息的杨森在车站迎接，热情的将他带去公馆。 潘文华心生警惕，因为杨森不久前被老蒋任命为贵州省主席兼保安司令，这个时候他不去贵阳上任，怎么出现在了重庆？ 到了公馆后，杨森设宴款待潘文华，两人边吃边聊。潘文华试探的问：“委员长说有大事和我商议，是不是也叫了你？” 杨森说：“若没有找我，我又如何得知你要来重庆。” 潘文华说：“不知道找你我是何事情？” 潘文华听后大惊，说：“你要说刘自乾有其他事情，我或许会信，说他联系日伪，这怎么可能，委员长可有确凿的证据？” 杨森说：“这就不得而知了，详情如何明天去见委员长，一问便知。” 由于杨森提前透露了消息，潘文华已想好应对，对老蒋说：“西康地处偏远，以军事手段解决，恐怕起不到保密的效果。再者，自乾的投敌之事，真假难辨，说不定是日伪的离间之计，还请多方调查。” 老蒋不悦的说：“西康的问题不能再拖延，等以军事解决后，自然会公布罪状，你和子惠回去后商量一下行动计划。” 见完老蒋后，潘文华谢绝了杨森的宴请，匆匆返回成都后，召集亲信钟体乾、杨续云商议对策。 钟体乾说：“杨子惠被任命为贵州省主席后，这是死心塌地的倒向老蒋了。” 杨续云说：“老蒋在西昌设立行营，摆明是要对刘文辉下手，所谓的投敌罪状，纯粹捕风捉影的借口。” 潘文华说：“若公然拒绝，必然惹怒老蒋，得想一个稳妥的办法。” 三人商议后，决定采取“拖字诀”。此后，老蒋、杨森多次去电潘文华，让到重庆商议行动细节，潘文华以“病重难以动身”为由，拒绝前往。 拖了一段时间后，由于潘文华的不配合，杨森又去了贵州上任，老蒋铲除刘文辉的图谋失败了。 自此以后，老蒋对潘文华忌恨上了，在抗战胜利后，将潘部派去各大战场分割使用，大幅削减了他的兵权。 1948年初，潘文华调任川黔湘鄂边区绥靖公署主任，头衔看起来很唬人，实际上根本指挥不了多少部队。 7月，襄樊解放，第十五绥靖区中将司令官康泽、副司令官郭勋祺被俘。战后，无兵可调的潘文华却要承担战败责任，被老蒋免去绥靖公署主任。 潘文华只身返回重庆，直到1949年，老蒋设立西南军政长官公署，为了拉拢川系将领替他卖命，这才将潘文华委任为军政副长官。 备受老蒋打压的潘文华，在12月9日，与刘文辉、邓锡侯一同在四川的彭县通电起义，迎来了新生。
