袁死后，黎元洪接任总统，段祺瑞任内阁总理，不过两人的关系并不融洽，黎多次想要罢免段祺瑞的职位，段看不上黎这个人，这就有了后来的府院之争。 黎与袁不同，他是湖北督军，因武昌起义时群龙无首，他被革命军强制推举为起义领袖、被迫造反。他不是北洋出身，因此，北洋各军阀并不服他，不像袁能控制北洋，段祺瑞作为北洋系的二号人物，自然看不上他这个有名无兵的总统。 两人最大的分歧是对德宣战问题上，黎认为中国不应该卷入这场在欧洲的冲突当上，应该保持中立态度，不应该对德宣战，而段祺瑞则不这么认为，觉得中国必须站队，且站在协约国这边，必须对德宣战，最后黎元洪呦不过段祺瑞，北洋政府正式对德宣战。 过了一段时间，黎使用非常规手段逼的段祺瑞下野，段表面上答应，离开北京，没过多久，便利用了张勋想复辟帝制的心思，让他带兵进京，张勋打着调停府院之争的名义入京，拥立溥仪复位、举国反对，黎自知无颜面对，辞职下野。 段这时在各方的支持下，决定入京剿灭张勋的辫子军，于是仅仅十二天的复辟闹剧便结束了，段祺瑞有了“再造共和”美誉！此时的段达到了人生巅峰，成为了民国最有实力的人物。兼任海陆空大元帅，他所代表的皖系军阀实际控制了北洋政府。
