胃分泌盐酸和胃蛋白酶，帮助消化食物，然后食物移动到十二指肠。在十二指肠里，胰腺分泌胰液，消化蛋白、脂肪、碳水化合物，胆囊分泌胆汁帮助乳化脂肪。
胃和十二指肠的消化问题，包括胃酸产生不足，胰酶缺乏和胆盐不足。这将会导致消化初始阶段不足，营养不被吸收，消化道会变得易激惹，酵母菌和不良菌群会在肠道下部过度生长。
上消化道，是处理机体障碍的最高优先级部位。