面对新疆丢失之大事，慈禧太后希望李鸿章为朝廷排忧解难，出于对李鸿章的信任，连跪拜之礼都免了。当时的背景是1871年，南疆及北疆各城几乎都被阿古柏侵占，而伊犁九城却被俄罗斯侵占，朝廷让恭亲王去找俄国公使问他们为何擅自起刀兵，侵占我伊犁九城？俄国公使的理由很荒唐，他称这完全是一场误会，他们根本就没有侵占伊犁；只是为了帮助大清维护那里的治安。而这只是俄国一套说辞而已，实际上俄罗斯侵占伊犁就是为了他们的领土扩张、自中国第一次鸦片战争以来，沙俄资本主义经济迅猛发展，使得沙俄积极寻求海外目标，最终将侵略目标瞄准了中亚和东方大国；沙俄首先便通过征服浩罕汗国、布哈拉汗国等中亚国家，为侵占伊犁地区奠定了基础；而阿古柏侵占南疆及北疆土地时，沙俄一边在和阿古柏的浩瀚汗国开战，一边占领伊犁；当阿古柏侵占完新疆大部分土地时，才发现他的国家已经快完了，于是他才自立了一个国家，还想办法得到了英国与奥匈帝国的认可。 而俄国虽说是代管，但让他们归还的条件是很苛刻的。那便是等朝廷派兵收复乌鲁木齐及玛纳斯之后再归还伊犁九城。军机大臣文祥率先表示抗议，这简直是欺人之谈，慈禧也支持文祥的看法。便希望李鸿章能够替她出出主意，没想到李鸿章却表示的太过保守，甚至有退让的态度。而军机处负责人恭亲王表示对于伊犁的问题可以和谈，但新疆局势是刻不容缓的，就按俄罗斯使臣的意思，朝廷先派军队收复乌鲁木齐及玛纳斯过后再去找俄国要回伊犁。同治帝也是个急性子他也想收复新疆，保全祖业，便直接下令让左宗棠的军队出关收复新疆。可惜他背后还有两宫太后垂帘听政，他说的不算数。 而不止是两宫太后，连大臣都敢直接反对他，只见李鸿章说起，听闻阿古柏兵强马壮，又有英国做他的靠山，这可不能等闲视之。紧接着军机大臣兼户部尚书的宝军也说起，因前些年的平定太平天国以及捻军、陕甘回民起义等等，朝廷国库空虚；而文祥算是力排众议，坚持主战，当年清圣祖和高宗皇帝都平定过西垂。如今怎么能知难而退呢？况且现在新疆还有哈密、古城子和巴里坤还在坚守，不能坐视不理啊。而接下来在人选上展开了争议，一个是乌鲁木齐提督成禄，另一个是陕甘总督左宗棠，正当大家都觉得应该让左宗棠出征时，后来却出人意料。
