军机大臣文祥在收复新疆的过程中起到了关键作用，他两次泣血跪陈收复新疆的之重要，终于使得感动两宫太后，得以让左宗棠能够带领西征军出关收复新疆。而此时文祥所报之时，中亚浩瀚汗国的军官阿古柏已经侵占了新疆大部分土地，仅剩伊犁九城、古城子、哈密及巴里坤等少数城池。文祥还带来了一张阿古柏的照片，这张照片是陕甘总督左宗棠派人收集到的，两宫太后及光绪皇帝拿起一看，是一名满脸络腮胡的中亚军官，年约五十岁。慈禧疑惑不解，阿古柏只是一名浩瀚国的军官，为什么能够如此迅猛的侵占我新疆如此多的城池？ 原来阿古柏侵占新疆是有渊源的，自鸦片战争以来，新疆各族人民便发生了大大小小的反清叛乱，到了1864年就已经遍及天山南北，这些反清的头目为阿訇、和卓、伯克和清朝地方官吏等上层分子，他们为争夺领导权，互相攻杀，形成几个地方割据势力。而占领南疆喀什戈尔城的伯克向中亚伊斯兰教浩罕汗国求援，1865年春，浩罕汗国的军事头目阿古柏以援助的名义率数万骑兵进入南疆，阿古柏从一名浩罕汗国的普通军官凭着狡诈和多变的性格，以及残暴及强势军事风格，再加上他很善于攀附权势，赢得了英国与俄国的军事支持，他很快就率领他的嫡系安吉延骑兵占领南疆地区，又凭着英国的装备及经济支持，扩兵至五万精锐，逐渐占领了北疆乌鲁木齐、玛拉斯等地，最终他自立为“哲德沙尔汗国”的国王，而阿古柏以血腥的屠杀被人们称为“中亚屠夫”，使新疆人民陷入水深火热之中。 面对这种复杂的形势，作为陕甘总督的左宗棠奏请军机处收复新疆；得到了军机大臣文祥的大力支持。慈禧一听很有道理，便说是到了筹划平定新疆的时候了，不过又说起自古用兵西垂都非常谨慎，要召众大臣廷议才行， 这时恭亲王传来了一份奏报，说俄罗斯趁阿古柏侵占南疆之时，顺势又占领了伊犁九城及周边地区，这样一来， 收复新疆就得面对阿古柏及英俄三大势力了；但慈安太后认为，再难也不能丢了这片领土。面对新疆如此复杂的局势，两宫商议认为，先把俄罗斯侵占伊犁的问题弄清楚再说，于是慈禧便让恭亲王去找俄国公使，询问侵占伊犁与不宣而战的原因；
