1949年底孙元良到台湾后，背着战败丧师之责，加上国民党高级将领间的内斗，孙精神

1949年底孙元良到台湾后，背着战败丧师之责，加上国民党高级将领间的内斗，孙精神郁闷，最后选择了退役从商。上世纪七十年代初，孙元良一度旅居日本，为谋生曾开了一家名为“天福园”的面馆。1975年他重返台湾定居高雄，在当地一家针织品公司当董事长。退休后，孙元良到台北定居，闲来无事时著书立传，写了回忆录《亿万光年中的一瞬》等。

晚年的孙元良很少提及当年的风风雨雨，心境平和地专注养生。

“即便是对自己的儿女，他也很少说起过去参与的战事，他当年经历的许多事，都是我从书上找资料看来的。”孙元良的五子秦汉在提及父亲晚年的时候说。身为台岛上最资深的黄埔军校学长，孙元良却鲜与两岸其他校友来往，其子秦汉回忆说，这与父亲的性格有关：“父亲有几位好友，但都已不在了，他不喜欢交际应酬，觉得是虚耗精神，也不说废话，有要事才说，所以元气一直保持得很好。”

秦汉还曾回忆说孙元良晚年身体非常好，“我父亲90岁之前就像个五六十岁的中年人一样，非常健康硬朗，走在马路上和上楼梯都不要人扶，就算我扶他，他也会用不经意的手法把我的手甩掉”。

孙元良投身军旅的数十年间，正好是近代中国最动乱的时刻，他近距离地看到太多战争的血腥与不幸，深深了解战争的丑恶，却也在战争中，获得勋章，得到荣耀。“父亲本身并不好斗，他不喜欢战争，只是在对抗日本侵略中，恭逢其会而已。”秦汉对父亲数十年戎马征战下了批注。

1985年，孙元良最后一次高调亮相。因为日本军国主义否认1931年后日军在华大屠杀的事实，作为历史的见证人，当时已经81岁高龄的孙元良在台湾高雄市发表了一份抗议书，义正词严地驳斥了日本军国主义的谎言。