39所985大学按照地位排序虽无绝对统一的官方标准，但在重要会议或活动中，出场顺序通常遵循历史地位、行政级别、综合实力、区域代表性等因素，形成相对稳定的排序逻辑。以下为一般顺序及分析：
清华大学、北京大学作为中国高等教育的标杆，两校常年稳居榜首，无论学术实力、国际影响力还是官方地位均无可争议。在重要会议中，清华大学通常位列第一，北京大学紧随其后。
复旦大学、上海交通大学、浙江大学、中国科学技术大学、南京大学华东五校是中国东部地区综合实力最强的五所高校，学科门类齐全，科研成果突出。
中国人民大学人文社科领域标杆，法学、经济学等学科全国第一。
国防科技大学军事院校顶尖，计算机科学、航空宇航科学等学科实力超群。在会议中，这七所高校通常紧随清北之后，按学校名称首字母或历史地位排序。
哈尔滨工业大学、西安交通大学、华中科技大学、武汉大学、中山大学、南开大学、天津大学、东南大学、厦门大学“中坚九校”是中部地区实力强劲的高校，部分学科不比清北差。
北京航空航天大学、北京理工大学、同济大学、北京师范大学北航在航空航天领域国内第一，北理兵器科学与技术全国第一，同济土木工程、建筑学全国领先，北师教育学、心理学等学科顶尖。这14所高校在会议中通常按区域或学科特色排序，如工科强校优先、师范类高校随后等。
山东大学、吉林大学、四川大学、华南理工大学、西北工业大学、华东师范大学、中南大学、大连理工大学、重庆大学、湖南大学、电子科技大学、兰州大学这些高校在当地具有极高的知名度，个别学科出类拔萃，但整体实力稍逊于前三梯队。在会议中，它们通常按区域或行政级别排序，如西部高校优先、东部高校随后等。
中国海洋大学、西北农林科技大学、中央民族大学、东北大学这些高校因地理位置或发展问题，逐渐失去昔日光环，但在特色领域仍具有优势。如中国海洋大学海洋科学、水产学全国第一，西北农林科技大学农学、林学等学科突出。在会议中，它们通常排在最后。
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