（雅克萨）在开战之前，中国(即大清)设法通过和平方式劝说哥萨克交出中国匪徒,要他们对土著仁慈些,还劝他们返回俄国,要不然就在中国接受避难。中国于1681年和1682年两次派遣使臣前往尼布楚要求会谈。同时派人赴阿尔巴津（即雅克萨）投书谴责该地俄人的残暴行为,要求他们撤回本国。每逢俄国人被俘,中国人总是友善地对待他们，并把他们遣送回去，有时还让他们捎上致俄方的函件。然而,无论是这些善意的行为，多次的要求，或者是莫斯科的信件,都没有产生令人满意的结果。在阿尔巴津定居的俄国人不仅不怕尼布楚的统领及其所代表的权力，反而公然违抗并威胁统领。

中国当局意识到好言相劝无济干事，最后只得准备采取行动。大约在1682年,尼布楚附近的蒙古人变得强硬起来，要俄国人将布里亚特人归还他们。一般人都知道，蒙古人和中国人之间订有某种密约。因此,中国人随即派遣问谍去俄国军营,这些间谍自称是猎人或逃兵。中国军官一直追踪他们至阿尔巴津,要求他们返回,乘此机会侦察了俄国的防御工事。中国方面还向土著询问有关俄国兵力的情况。第一次听到有关中国军队的可靠消息是在1683年,当时六十七名阿尔巴津的哥萨克在布列亚河畔碰上了一支中国军队。若干俄国人成了俘虏，中国方面好意地对待他们,给以诱人的待遇,为的是使他们加入中国军队。而在中国军队中，早已有另外一些俄国人在服役了。中国人还在结雅河及其下游建起一座座碉堡以阻挡俄国人顺河而下。1685年6月12日，中国军队在阿尔巴津前沿插上了自己的军旗，将该处重重包围。据米勒说，在受围攻的第一天，一百名俄国人丧命，指挥官托尔布津又进行了几天的无效抵抗,终于降服。可是米勒说,这是由于哥萨克弹药不足而投降的。结果,中国人扣下了大炮和人质,他们允许俄国人保留自己的随身武器撤回尼布楚,并且将马匹、粮秣甚至武器供给那些确实需要这些东西的人。中国将领摧毁了阿尔巴津，率领部队开赴瑷珲,而没有留下军队防止俄国人重新占领这个地方，从而又犯下一大错误,造成了另一次战役,与方始结束的战役相比，后一仗打得更为艰苦。

阿尔巴津陷落的消息传到莫斯科时，莫斯科当局向尼布楚统领发出指令,命将阿尔巴津的人员和政府财产归他管辖,同时将托尔布津派往叶尼塞。一切表明俄国政府的意图是要放弃这个屯兵之地。但是在上述命令到达之前，哥萨克已经自行其是。托尔布津及其部下于7月10日到达尼布楚后不久,就请求当局允许他们返回阿尔巴津去收割庄稼。尼布楚统领在作出他们渴望的许可之前，命令侦察兵先去查明战场上还有没有敌人。侦察兵回来报告说中国人已经放弃阿尔巴津，而庄稼地没有受到破坏。在这种情况下,统领命令托尔布津率领一支庞大的军队,其中包括刚从西伯利亚和莫斯科来的士兵,顺河而下,要他们收割完庄称以后在阿尔巴津以下易守之处修建一座要塞。他们于8月27日到达目的地，开始收割庄稼。等到收割完毕以后再去寻找新的地点已经为时太晚。因此，托尔布津决定在废墟上重建新的阿尔巴津。整个冬季,大家都忙于构筑要塞，这一工程是在受过训练、经验丰富的德国军事技师阿法纳西·拜顿的监督下进行的。这一堡寨具有坚强的防御能力，为此拜顿颇受赞许。托尔布津感到自己的实力足以对抗中国人、就于1686年3月命令一支三百人的部队顺流而下去征收贡赋。在呼玛尔河,他们同四十名中国士兵遭遇,俄国人在设法俘虏中国人时,七名被杀，三十一名受伤;中国人则有三十人丧命,九人逃跑，一人被俘。这个俘虏说，他和同伴们是被派来弄清楚俄国人是否真正重新盘踞了阿尔巴津的。他还供称，中国已经放弃在结雅河以及黑龙江北岸的小哨所，将全部兵力集结在新兴的瑷珲城。

中国不得不对俄国人这种肆无忌惮、目空一切的挑衅引起注意。她命令军队从瑷珲向前挺进,这支军队于1686年7月7日到达阿尔巴津跟前，从四面八方将这个要塞重重围困，水陆两路均不得进出。有一名哥萨克于7月26日从阿尔巴津跑出来,居然顺利地通过了封锁线。他到尼布楚报告说,在他离开之时,要塞内有八百二十六名武装的士兵，八门铜炮，四门另一种类型的大炮，一百一十三普特(每普特重三十六磅)火药,六十普特子弹,一百四十颗手榴弹,以及其他军需品。粮食足够维持一年,还有一新掘的井,足以供应全部官兵所需的饮水。

中国的战斗部队在围攻之初配备弓箭的土兵共约二千人，还有三四十门大炮。凡是查阅过的文献中，都没有记载7月7日开战的那一天要塞内有多少俄国人，作一千人的估计是低的。这次战斗是一场殊死激战，到7月26日必定已经有许多人死亡。当时,托尔布津的信使从阿尔巴津来,报告丧亡的数字已达八百二十六人。俄国人时常被围攻者俘虏,围攻他们的中国人就派他们送信到阿尔巴津给守备部队。信中说,如果守备队放弃该地,中国答应保障他们的安全。9月末,从尼布楚派出一支七十人的部队前来了解情况,但他们无法走近,以至没有完成任务。11月，三个俄国人避开中国人的警戒,从阿尔巴津捎来消息,大意是说受围困的人正转人地下生活,他们的粮食足够维持到复活节,而水源则越来越少。最令人遗憾的消息是托尔布津之死,他的职务已由拜顿接替。俄国人多次进行的反击已经奏效，他们在反击中用手榴弹杀死了若干敌军。

中国人的包围一直持续到5月6日才从该城紧邻处后撒。8月30日,他们撤离城墙更远，中国方面是应沙皇的请求而这样做的,沙皇曾经遣使去北京请求撒该城之围,并宣布一名特命全权大臣将前来磋商边界问题。中国皇帝（康熙）接到请求后，立即向前线发出下列谕令:

朕本无屠城之意，欲从宽释，其令萨布素等撤回雅克萨之兵……并晓谕城内罗刹听其出人,毋得妄行夺,俟鄂罗斯使至后定议。

临近1688年年初,中国的将军还给拜顿供应粮秣。斯捷潘柯罗文于11月19日也从莫斯科匆匆赶来请求中国皇帝指定双方大臣会谈的地点。这一请求得到中国的准许,但由于种种原因，会谈的时间和地点有变动,以至一直到1689年8月22日,两国的特命全权大臣才在尼布楚附近会晤。俄国人建议应以黑龙江作为两个帝国的分界线;中国人深知阿尔巴津和尼布楚的重要性，“因为该两城在某种意义上是经由黑龙江、松花江以及乌尔卡河通向中国满洲本部的要冲,”他们提出了一个相反的建议,即俄国人应当退到色楞格河以西。会议大约举行了两个星期，陪同中国人的耶稣会士起了重要的作用。好几回谈判看来就要破裂，战争即将爆发了，中国人所显示的实力使问题达成了协议。根据9月7日签订的条约,双方同意雅克萨即阿尔巴津必须完全摧毁，俄国人必须撤出黑龙江流域，斯塔诺夫山山脊将来应当成为两个帝国的疆界。

对这个时期作一总的回顾，令人惊异的是两个帝国任何一方的政治家都没有充分理解黑龙江的重要性。莫斯科当局没有完全抓住问题所在，它对征服和管理黑龙江地区看成是同征服和管理西伯利亚的一个省一样，一切听其自然。俄国若是从开始起就有明确的行动计划，由正确而又能干的领导人以及一支训练有素而又不那么残暴的军队去实现其计划，中国就不可能把俄国人从黑龙江流域驱逐出去，恐怕也不至于作这种尝试。但俄国缺乏以上所说的一切,她从来没有明确而长远的政策,身居莫斯科的官员不管俄国不法之徒打开的是什么样的通路,都盲目地跟着走,而不是去指导他们的行动。除了使用暴力以外,在黑龙江的俄国长官中，没有哪一个表现出具有高超的政治家风度或才能。他们当中没有一个人具备洞察未来的远大目光，而只图眼前获得一堆毛皮的利益罢了。在西伯利亚凭借武力能取胜，并不说明在黑龙江单凭武力也足以成功。稍稍施展外交手腕也是需要的，但俄国官吏在这方面很无能。这些长官和他们手下的人损害了俄国的事业。他们生来大胆勇猛，要是能够加以约束，他们就可组成一支优良的军队,但是从未施加约束。俄国人在黑龙江横行不法,他们无荣誉感,寡廉鲜耻，不热爱祖国，也不尊重条约或诺言。他们三番五次地背叛自己的首领、自己的同志以及自己的祖国。

对俄国在黑龙江上取得立足点可能造成的后果，中国也是一无所知。直到最后中国都把黑龙江上发生的骚乱看成如同鞑靼人的抢劫活动一样。中国采取行动并非出自本意，只是在迫不得已时才这么干，但又从未干彻底。只要中国显示出几分象她的敌手那样的锐气和精力,黑龙江的问题早在1658年中国深受俄国祸害时就能解决。中国要是在结雅河口建起要塞，在阿尔巴津再建一个,再向上在黑龙江建立一两个,就可以把哥萨克限制在他们的本士，当然也就能避免后来的骚乱。中国表明从她的错误和经验中吸取教训的只有1686年那一次,当时中国军队带上镰刀在阿尔巴津收割了谷物。回顾过去,最遗憾的是,经过五十年来在黑龙江同俄国人的冲突之后,中国完全没有记取教训。