对于公务员的管理主要包括两个方面，分别是职务管理和职级管理，其中职务的晋升不仅会提高经济待遇，政治待遇也随之提高，而职级的晋升则主要表现为经济福利待遇的提升，不过，职务和职级又有交叉，那么，二级主任科员是正科职务还是副科职务呢？
首先，从经济待遇方面来考虑，二级主任科员和正科级职务相当
在职级并行制度实施以后，对于领导职务对应的综合管理类公务员最低职级有着明确的规定，乡科级正职对应二级主任科员，在初次确定公务员直接的时候，乡科级正职定为二级主任科员，同时，职级是体现公务员政治素质、业务能力、资历贡献的重要标准，是确定工资、住房、医疗的重要依据，由此可以看出，二级主任科员在福利待遇方面就是正科级，在实际的管理当中，二级主任科员也被成为小正科。
其次，在工作管理过程中，二级主任科员根据来源，有着不同的待遇
在实际的工作当中，公务员的待遇不但包括工资待遇福利，还包括工作当中的政治待遇，二级主任科的具体政治待遇，主要依据其担任的具体行政职务。一般来说，对于正科级领导来说，在初次确定为二级主任科员以后，其工资福利待遇按照正科级职务发放，政治待遇在基层参照单位主要领导，对于由三级主任科员晋升为二级主任科员的副科级领导，其工资福利待遇按照二级主任科员确定，略微低于正科级职务，政治待遇仍然按照副科级领导对待，而对于单纯的二级主任科员来说，其在行政职务方面仍然科员，工资福利方面参照正科，政治待遇方面仍然需要接受其他具有领导职务人员的管理，而且不改变其管理关系。
最后，在干部提拔任用方面，二级主任科员比照正科级
在干部晋升的时候，二级主任科员与正科级领导职务人员具有同等地位，都可以作为副处级干部后备人选，在工作需要的时候，可以直接通过干部任用程序，担任副处级领导职务，同时，对于晋升副处级干部所需要的工作年限，担任正科级职务和二级主任科员的时间是可以累加的，因此，二级主任科员虽然没有正科级领导职务的实权，但其在实际的工作当中，仍然属于正科级干部的一部分，同时，在担任二级主任科员满两年以后，如果所在的单位有一级主任科员的空缺，也可以按照职级规定的相关要求，晋升为一级主任科员，这个时候其待遇要高于正科级领导职务，同时，在基层行政机关当中，晋升二级主任科员需要组织部参与，其程序也非常复杂，因此，二级主任科员可以看作小正科。
