清军两路进讨李自成和大顺军
大顺军将士发动的怀庆反攻使的清军高层多尔衮等明白，原本寄希望于英亲王阿济格独自率一路军讨平大顺政权是不可能实现的。同时又接大同总兵姜瓖等奏报，说李自成有反攻山西、京畿的迹象。认为李自成“妄图复逞”，于是在豫亲王多铎解围怀庆府城，攻城的大顺军退却之后，清摄政王多尔衮便命多铎暂缓南下，与阿济格所率大军合击李自成大军，彻底消灭大顺朝。
清顺治元年（顺永昌元年、明崇祯十七年、公元1644年）十二月清军在豫亲王多铎的率领下由孟津渡过黄河，接连攻取洛阳等地，并于十二月十五日进抵陕州城下。驻守在灵宝的大顺军将领张有曾部因兵力不足，被多铎部击溃。于是清军在多铎率领下于同月二十二日长驱直入至潼关城外二十里下寨。
李自成以及刘宗敏和田见秀等大顺军将领原本以为清军只有陕北一路来攻，便率领大军前往陕北地方防守。根据史料记载：“顺治元年冬十二月，李贼自同州过白水，北趋延安。战败，复奔白水。”
但是当潼关方向也出现清朝大军之后。李自成惊愕之下，立即派人详细打探消息。待得知清军南北两路夹击的消息时，已有腹背受敌之感。李自成发觉之前所作的部署已经不能适用于当前的局势。此后李自成与刘宗敏、刘芳亮率原本准备支援陕北的大军出西安，北行至洛川县，在此停留了大概十天左右，观察两路局势。这时，陕北方向的阿济格大军因取道内蒙古土默特、鄂尔多斯等部“枉道索取驼马，复转入边，以致逗留”。而潼关只有巫山伯马世耀及其所部七千多人守卫，清廷方面为了夺取潼关于十二月又增派固山额真阿山、马喇希等统兵经山西蒲州渡河协征，并且急调红衣大炮供攻关之用。鉴于潼关方面的形势异常危急，李自成决定率大军赶往潼关增援。
潼关，地处黄河渡口，位居晋、陕、豫三省要冲，扼长安至洛阳驿道的要冲，是进出三秦之锁钥，所以成为汉末以来东入中原和西进关中、西域的必经之地及关防要隘，历来为兵家必争之地，素有“畿内首险”、“四镇咽喉”、“百二重关”之誉。
根据《水经注》载：“河在关内南流潼激关山，因谓之潼关。”
明清潼关古城
清顺治元年（顺永昌元年、明崇祯十七年、公元1644年）十二月二十九日潼关大战正式打响。大顺军在权将军、汝侯刘宗敏据山为阵，阻击清军，清军先锋努山、鄂硕等攻拔了大顺军营，大顺军奋起迎战，伤亡过半。
次年（清顺治二年、顺永昌二年、明弘光元年、公元1645年）正月初四日，大顺军在制将军、磁侯刘芳亮率领下，向清军大营发动进攻。清军护军统领图赖，阿济格尼堪、阿尔津、顾纳代、伊尔都齐、敦拜、杜尔德等率正黄、正红、镶白、镶红、镶蓝五旗各牛录护军一名迎击，农民军失败。多罗贝勒尼堪、拜尹图等增兵奋击，大顺军被击败。多罗贝勒尼堪、拜尹图等又率兵增援，大顺军再次失败。李自成听到刘芳亮战败，亲自率领马步军出战，多铎继续调动清镶黄旗、正蓝旗、正白旗三个旗增援，结果大顺军步军被歼灭，骑兵突围而出。正月初五、初六两天李自成等又组织大顺军利用夜晚攻袭清军大营，接连发起反击，但是都被清军击退。正月初九日，清军的红衣大炮抵达潼关城下。正月十一日清军再度出击，进逼潼关城下，大顺军将士“凿重壕,立坚壁”来阻击清军。清军先用红衣大炮猛烈轰击大顺军，随后清军步骑再乘势冲击，大顺军将士损失惨重，但仍拼死反击。为了扭转战局，李自成先派三百精骑横截清军，但被清军多罗贝勒尼堪、怀顺王耿仲明率军所击败。李自成随后又调部分军马清军阵后突击，还是不能成功。
就在这关键时刻，清军另一路因“擅取边马”而严重失期的主帅英亲王阿济格，在清朝摄政王多尔衮多次行文催促下，终于率军由山西保德州结筏渡过黄河，进入陕北，并在清顺治元年（公元1644年）十二月十四日占领李自成的故乡米脂县，将李自成故里李家跕和李继迁寨的居民，不分老幼全部屠戮。接着，便率军向西安疾驰推进。
李自成明白在清廷两路大军夹击之下，西安乃至陕西失守已然不可避免，但是西安乃是大顺朝的都城，大顺朝的文武百官、将士家眷以及军需物资都在西安，无奈之下李自成只得留马世耀及所部将士防守潼关。自己和刘宗敏、刘芳亮等人率大军星夜赶回西安再做计较。
清顺治二年（顺永昌二年、明弘光元年、公元1645年）正月十二日留守潼关的大顺巫山伯马世耀不得已以所部七千人诈降清朝。当晚马世耀便派人送密信给李自成，约定内外夹击多铎所部，一股消灭这路清军，重新夺取潼关。但不幸的是密信被伏路的清军缴获，计划被多铎所知晓。第二天，多铎以打猎为名，在潼关西南十里的金盆口设下埋伏，然后谎称举行宴会，把马世耀部下的马匹器械全部解除，一声号令，埋伏的清军突然冲出，把马世耀和他部下七千余名大顺军将士全部屠杀 殆尽。
在正月十三日正式占领潼关后，多铎率部于正月十六日离开潼关，两天之后，便于正月十八日抵达西安。并派护军统领阿尔津率部追击大顺军。而此时李自成早已离开西安，往湖广方向撤退。原来李自成考虑到面对清军两路大军夹攻，觉得已经西安不能坚守，已于抵达西安的当天（正月十三日）决定撤出西安，出蓝田口，奔经商洛向河南、湖广方向而去。阿尔津等追之不及，无功而返。但是西安也为清军占领。
临行前李自成命权将军、泽侯田见秀断后，并嘱咐他把无法带走的粮食等库存物资和官舍全部烧毁，以免留给清军使用。但田见秀认为烧毁粮食会导致清军通过劫掠百姓来筹粮，以“秦人饥，留此米活百姓”为由，没有执行李自成的指示，只把东门城楼和南月城楼点燃。之后便蓝田追赶上李自成的大军，随大军一起撤往湖广、河南地区。田见秀的妇人之仁，让清军在西安得到了大量的补给，不必为粮草不足而担忧。导致清军很快就追了上来。以至于大顺军将士在转移过程中不能得到充足的休息时间，这是同田见秀所做的错误决定是有一定关系的。
其实关于李自成和大顺军放弃陕西及其他西北地区撤往湖广、河南的行动，很多人都有一个错误的认知，以为李自成是带领了陕西和西北各地的大顺军一道转移的。实际上，李自成带领的只是原驻西安一带的大顺军主力，随行的有汝侯刘宗敏、泽侯田见秀、磁侯刘芳亮、绵侯袁宗第、义侯张鼐等大将，大顺政权的高级文官丞相（大顺的正式官衔是左平章国事）牛金星、军师宋献策、吏政府侍郎顾君恩等人，还有包括高皇后在内的家眷，兵员约为十三万。大顺军陕北、汉中、甘肃、宁夏、西宁的军队还在李过、高一功、党守素率领下驻守各自的防区并未撤退。
陕北保卫战是在清顺治元年（顺永昌元年、明崇祯十七年、公元1644年）年底正式打响的。原本阿济格、尚可喜和吴三桂军的战略目标是，出大同，渡黄河，会同蒙古兵，取陕北的榆林、延安，击陕西大顺军军之背。可是阿济格却擅自出边，“至土默特、鄂尔多斯地方，枉道索取驼马，复转入边，以致逗留”。在多铎先取西安时，阿济格与吴三桂部“未知尚在何处”。为此他受到多尔衮的严厉斥责和一再催促。
因此阿济格在进入陕北后，一方面加速行军，一方面任命降将唐通为保德州总兵,王大业为榆林总兵，让他们利用在明朝的关系大肆招揽投降大顺的明朝旧将。
原本这些明朝旧将就与大顺朝离心离德，只是碍于大顺军的兵锋才投降。现在看到清军大军到来，而大顺军又落入下风，纷纷互相勾连武装叛变大顺。如大顺宁夏节度使陈之龙、为大顺军镇守宁夏地方的总兵牛成虎、兰州总兵郑嘉栋、甘州总兵左瓤、副总兵谢祯荣等人都相继叛叛降清朝。李自成所封的桃源伯白广恩，也在随李自成撤出西安时，在蓝田口率领所部投奔了清朝。奉李自成之命率军入川的四川节度使黎玉田（原先是明朝辽东巡抚）、总兵马科（投降大顺后被封为怀仁伯)、副总兵马德、高汝利、石国玺，也在清廷招降下领着士卒一万多人叛附清朝。此外，叛投清朝的还有汉南副将胡向化所部士兵一万余人、黄甫营守将高鸾以及陕北从响水到宁塞的十营堡边军。降将唐通还替清军招抚了河堡营、唐家会下营、黄甫川、清水营、木瓜园、孤山镇、永兴、神木、大柏油堡、柏油堡、葭州（佳县）等处明军旧部。可以说除了镇守延安的李过和镇守榆林的高一功外，陕北其他负责防守延边城堡的顺军都投入清廷大旗之下。
不同于陕北其他负责防守延边城堡的顺军。高一功在榆林进行了顽强阻击，清英亲王阿济格要看又要误期，又因取“西安事大”，于是任命命大同总兵姜瓖为总督，统率保德总兵唐通、榆林总兵王大业、宁武总兵高勋、宣府副将加总兵衔康镇邦等降将继续围攻榆林高一功部。自己则和尚可喜、吴三桂率满汉主力经米脂，南下绥德，直取延安。
清英亲王阿济格
唐通等自绥德赴榆林附近的双山堡，给高一功写了一封信，向他约战。顺治二年正月十二日，唐通派人给高一功送去。正月十四日，高一功被迫率军撤出榆林，奔响水方向而去，姜瓖率军追击波罗，高一功战败，再次退走。正月十四日当天晚上，唐通便率部直抵城下。次日天亮时，唐通和榆林巡抚赵兆麟等人进入榆林城。十六日，姜瓖、王大业、康镇邦等也进入榆林，安抚百姓。
高一功败走榆林后，便率军进入延安，同李过一起抵御阿济格等人进攻，为李自成的撤退争取时间。
面对阿济格、吴三桂所部的满汉军队围困，李过率领所部同清军大战七次，其中两次趁夜间突袭，结果都因为兵力不足而败走。
原本李过、高一功所据守的延安府城同肤施县城呈掎角之势。阿济格等率军猛攻二十多天不能攻克。于是阿济格命令吴三桂、尚可喜佯攻肤施，吸引大顺军延安府城守军来支援。而暗中率精兵直趋延安城，突然用大炮猛轰延安城，大顺军将士猝不及防之下被击败，李过和高一功等无奈之下只能率全军趁夜色突围。阿济格与固山额真谭泰分别领兵追击，缴获甲马器械不可胜计。延安失守后，李过部向西转移；阿济格和吴三桂、尚可喜等即率清军主力南下西安。
李过、高一功率部撤离陕北，是在李自成放弃西安以后，因为从延安到西安之间有阿济格、多铎两路清军，已经不可能按李自成原本南撤路线行进跟李自成大军会合。因此，李过等人他们采取向西转移，他们先到宁夏的惠安堡，然后会合了镇守西北甘肃、青海（当时为西宁卫）等地的大顺军党守素、蔺养成、贺兰等部一道向南撤退。
李过等人采取的路线是由陕西汉中入四川，顺长江东下湖北。不料，镇守汉中地区的大顺军旧部贺珍、罗岱、党孟安、郭登先四将已经叛变投降清军，他们不顾旧情率军阻击李过、高一功等部大顺军过境。经过一翻战斗，李过、高一功等部于大顺永昌二年（清顺治二年、公元1645年）三月冲破了贺珍等人的防区，由汉中南下四川太平、东乡、达州、夔州等处，然后顺江东下，在永昌二年（清顺治二年、公元1645年）夏抵达湖广荆州地区。这就是大顺军放弃西北向南撤退的西路军。至于他们同李自成、刘宗敏所率领的东路军汇合，却是要等到李自成在九宫山牺牲以后的了。到那时他们这一支军队在阴差阳错之下却成了联明抗清的主力，当然这乃是后话了。
就当前情况来说，随着李过等人率西路大顺军撤往湖广地区。标志着除了零星游击于边远地区的小规模大顺武装，大顺政权已经失去对整个黄河以北地区的统治。明末农民运动也暂时走向低潮。同时对活跃于四川的张献忠大西政权和苟全于南方的弘光朝廷来说，大顺政权在北方的崩溃使他们不得不直面清军的大举进攻。那么他们做好准备了嘛？
