该公署于1949年7月在台湾成立，辖苏，浙、闽、潮、汕沿海区域。原属总部直辖之福州“绥靖”公署，后亦归东南军政长官公署统属，辖厦门分署、舟山防守司令部。

司令长官

陈诚（1949.7.18.兼任），浙江青田人，保定陆军军官学校第8期毕业，蒋中正后期重要副手，土木系首脑。

副司令长官

罗卓英（1949.11.7.任），广东大埔人，保定陆军军官学校第8期毕业，土木系二号人物，陈诚麾下四大金刚之首。

林蔚（1949.11.7.任），浙江黄岩人，江南水师学堂、陆军大学第四期正则班毕业，土木系将领，陈诚麾下四大金刚之一。

郭寄峤（1949.11.7.任），安徽合肥人，保定陆军军官学校军校第9期毕业。

厦门分署

主任 汤恩伯，浙江武义人，援闽浙军讲武堂、日本陆军士官学校中国队第18期毕业，士官系首领。

第八兵团

司令 刘汝明，河北献县人，陆军大学将官班甲级第1期毕业，西北军新五虎之一。1949年9月，漳州、厦门先后解放，第八兵团部及所属部队全部被歼灭，他与弟弟刘汝珍仅带少数人员撤至台湾，不久便退出军界。

第五十五军军长 曹福林，河北景县人，行伍，西北军将领，韩复榘旧部。该军残部在退往台湾后即被缴械整顿，55军番号撤销，余部奉命缩编为第29师，后编为干部师，不久裁撤。

第六十八军军长 刘汝珍，河北献县人，刘汝明弟，陆军大学将官班甲级第2期毕业，西北军将领。

第九十六军军长 于兆龙，山东滨县人，黄埔军校高教班第3期、陆军大学特别班第7期毕业。

第十二兵团

司令官 胡琏，陕西华县人，黄埔军校第4期毕业，土木系将领。1949年9月初该部撤至广东潮汕地区，尔后又由海上撤往金门。

第十八军军长 高魁元，山东峄县人，黄埔军校第4期毕业，土木系将领。

第十九军军长 刘云瀚，江西大庾人，中央陆军军官学校第7期毕业。

第六十七军军长 刘廉一，湖南长沙人，黄埔军校第六期、陆军大学正则班第16期毕业，土木系将领。

第二十二兵团

司令 李良荣，福建同安人，黄埔军校第1期、陆军大学特别班第3期毕业。

第五军军长 高吉人，陕西靖边人，黄埔军校第四期毕业。

第二十五军军长 陈士章，河北赵县人，黄埔军校第五期政治训练班毕业。

舟山防守司令部

司令 石觉，广西临桂人，黄埔军校第三期毕业，士官系骨干。1950年5月，在人民解放军准备渡海解放舟山群岛时，他率所部12万余人撤退到台湾。