综合计算工时制是指分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同的工时制度。

因此，综合计算工时制是以标准工时制为基础，只是工作时间在某个周期内综合计算。

那么，综合计算工时制如何计算加班工资呢？

《工资支付暂行规定》第十三条第三款规定：“经劳动行政部门批准实行综合计算工时工作制的，其综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按本规定支付劳动者延长工作时间的工资。”

原劳动部《关于职工工作时间有关问题的复函》第五条规定：“综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并应当按《劳动法》第四十四条第一款的规定支付加班工资报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按《劳动法》第四十四条第三款的规定支付工资报酬。”

《江苏省工资支付条例》第二十二条规定：“经人力资源社会保障行政部门批准实行综合计算工时工作制的，劳动者在综合计算周期内总的工作时间超过总法定工作时间的部分，视为延长工作时间，用人单位应当依照本条例第二十条第一款第一项的规定支付劳动者加点工资。劳动者在法定休假日劳动的，用人单位应当依照本条例第二十条第一款第三项的规定支付劳动者加班工资。”

依据以上规定，实行综合计算工时制，超过法定标准工作时间的部分，按150%支付加班工资，法定节假日按300%支付加班工资。

加班工资的倍数确实后，下面要确定的是周期内的工作时间。

原劳动和社会保障部《关于职工全年月平均工作时间和工资折算问题的通知》（劳社部发〔2008〕3号）规定：

“年工作日：365天-104天（休息日）-11天（法定节假日）＝250天

季工作日：250天÷4季＝62.5天/季

月工作日：250天÷12月＝20.83天/月

工作小时数的计算：以月、季、年的工作日乘以每日的8小时。”

根据以上规定，以周、月、季、年的工作日乘以每日8小时即可得出周期内的工作小时数。