在玉帝看来，孙悟空大闹天宫，已经犯下不可饶恕的罪过，所以，当二郎神将孙悟空生擒后，他立刻下令将孙悟空押往斩妖台，酷刑伺候。只不过，由于孙悟空拥有金刚之躯，无论天庭使用何等酷刑，始终不能伤他分毫，故而无法处决他。

但玉帝不愿善罢甘休，又把孙悟空交给太上老君，让太上老君把他扔进八卦炉锻炼，企图把他炼成灰烬。

结果更是让玉帝始料未及，八卦炉非但没能炼化孙悟空，反而助他练成火眼金睛。孙悟空于是推翻八卦炉，从兜率宫一直杀往凌霄宝殿，掀起了第二轮大闹天宫。

当他杀到凌霄宝殿外的通明殿时，王灵官急忙率领三十六员雷将救驾。三十六雷将法力高强，一度将孙悟空挡在通明殿，一步也不能前进，只可惜，他们的耐力远不如孙悟空，随着战斗的持续，渐渐体力不支，被孙悟空杀得连连后撤。

眼看着孙悟空即将攻入凌霄宝殿，玉帝连忙派人前往灵山，宣如来救驾。

如来见到孙悟空后，询问他有何能耐，竟敢大闹天宫。孙悟空扬言他神通广大，掌握七十二变和筋斗云，然后又狂妄地叫嚣道：“在因凡间嫌地窄，立心端要住瑶天。灵霄宝殿非他久，历代人王有分传。强者为尊该让我，英雄只此敢争先。”言外之意，三界之主的宝座应该由强者来坐，玉帝应该退位让贤于他。

如来见孙悟空如此嚣张，于是提出和他打一个赌：“你若有本事，一筋斗打出我这右手掌中，算你赢，再不用动刀兵苦争战，就请玉帝到西方居住，把天宫让你；若不能打出手掌，你还下界为妖，再修几劫，却来争吵。”

孙悟空见如来的手掌方圆不满一尺，于是爽快答应。结果如你所知，孙悟空并没有飞出如来的手掌，如来趁他打赌失败疏于防备之际，猛地把手一翻，将他压在五行山下，判了五百年有期徒刑。

关于如来对孙悟空的处罚，细心的读者不难发现很可疑，孙悟空大闹天宫便已不可饶恕，然后他又扬言要让玉帝退位，岂非更是罪不容诛，按说如来应该诛杀他，而不是仅仅判五百年有期徒刑。

说到这里，大家想必很好奇，孙悟空既然罪不容诛，玉帝为何却没有杀他？我们从菩提祖师的一番话中，便可看出端倪。

原著第二回，孙悟空因变松树，被菩提祖师斥责为炫耀法术。菩提祖师一怒之下，决定把他赶下方寸山，但又担心他下山后打着自己旗号到处闯祸，于是严厉警告道：“你这去，定生不良。凭你怎么惹祸行凶，却不许说是我的徒弟。你说出半个字来，我就知之，把你这猢狲剥皮锉骨，将神魂贬在九幽之处，教你万劫不得翻身！”

这番话简直连玉帝都闻之色变。只要孙悟空泄露他的名讳，他就要把孙悟空剥皮锉骨，贬入九幽之地，让他万劫不得翻身，可见菩提祖师并没有人们想象的那样慈眉善目，他一旦发怒，手段不是一般的狠。

对待爱徒尚且如此，菩提祖师对待他人又当如何？

这也就不难理解，如来为何不敢杀孙悟空，孙悟空再顽劣，也是菩提祖师的弟子，菩提祖师不会任由外人伤他性命，一旦他诛杀孙悟空，菩提祖师必然不会坐视不管，而他的手段又是如此之狠，如来岂能不有所忌惮？你怎么看呢？