1959年，总后勤部领导班子调整，邱会作调任部长。

随着，邱会作被调任总后勤部长，在军中的位置不断提高，就产生了新矛盾，就是谁领导谁的问题。

我们知道邱会作被授予中将，李聚奎被授予上将。按照一般情况，军衔不同的人在一起工作，军衔高的会领导军衔低的，讲得是资历、是战功。

在军队中，军政首长谁是最后的决策人，要看谁是党委书记。在邱会作到总后勤任职后，党委书记并没有被确定下来，在一段时间里，李聚奎主持党委工作，毕竟他的资历老、军衔高，按一般思维来说理所当然。

可是军委成立军委办公会议，成员是罗瑞卿、杨成武、谭政、萧华、萧向荣、邱会作。这几位分别总参、总政、总后勤以及军委办公厅的负责人。

办公会议主要负责军委日常工作的处理，相当于现在的军委委员，成为军队处理日常事务的核心成员。这样他接触到核心工作，当上级传达给下面工作，他也都是知道的。因为总后勤还没有确定党委书记人选，他在党委会上传达，李聚奎主持工作，就显得别扭不顺。

这样内部就形成两派，一方认为李聚奎担任党委书记合适，一方认为邱会作合适。而该职务是由上级任命的，并非内部选出来的，所以支持人数多少并不能决定谁来担任。

为解决这一问题，在召开军委扩大会议时，明确了让邱会作负责党委工作。这样一来，就形成了下级领导上级的现象。

此后，俩人在工作上有没有矛盾、分歧呢？相比还是有的，只是多少的问题。

有一次，俩人因为与地方的关系产生了分歧，考虑到地方困难，而总后勤所处的地方准备支援地方一些物资，邱会作得知后立即制止，没有商量的余地，把东西弄回来，说这是战备的物资等等。

1966年，李聚奎被调离总后勤，到高等军事学院担任院长，看似正常的职务调动，背后的原因也与两人之间的工作有关系。从邱会作的一面之词说，他经常到总政部告自己的状，也不是什么大事，都是些无关痛痒的工作，总政部主任听了都觉得没事找事。

或许是给邱会作工作扫清障碍吧，至少没有掣肘现象，上级将他调离。李聚奎走了，上级给他调了一个中将，此时邱会作在总后勤的影响力已经根深蒂固。