基层腐败治理确实有不少难点。
熟人社会是个大问题。在农村，村干部、乡镇工作人员彼此熟悉，沾亲带故很常见。线索到乡镇本级自查时，监督人员碍于人情，往往大事化小。村务监督委员会成员多是本村村民，还得依靠村干部办事，抱着“不敢监督、不愿监督”的心态。而且部分村干部长期掌权，集体事务只有少数人掌握，群众想查账常被推脱。
另外，贪腐手段愈发隐蔽。以前截留补贴等方式很容易被发现，现在拆分工程规避招标、借用亲友名义承包、签阴阳合同等手段层出不穷，很多交易没书面凭证，大量用口头约定，加上一些村子长期纸质记账，取证和认定都难。
还有私心掌权者的逆淘汰现象。有贪腐私心的掌权者，为了自身利益，排斥不愿同流合污的清正干部，使得真正做事的人得不到机会。
