易北河河口对海运具有重大意义，因为这一漏斗状河口构成汉堡港的进港通道，且其北侧（布伦斯比特尔附近）设有基尔运河入口。因此，易北河口下段属于欧洲航行最繁忙的水道之一。过去，从外海驶来可通过五艘高达45m 的灯船（英语：Lightvessel）识别河口，如今已由固定航标取代。大型船舶在引航员协助下通过该航道。
易北河口可在不受潮位限制的条件下通行最大吃水12.7m 的船舶。受潮汐影响，下易北河在高潮时允许进港船舶最大吃水达15.1m