国民党内部派系众多，主要分为中央和地方派系。中央派系有CC系、政学系、黄埔系和太子系。CC系掌控党务；政学系在行政方面势力较大，其历史可追溯到孙中山时期，1913年国民党与袁世凯争夺国会主导权失败后，孙中山号召二次革命，政学系在之后发展起来；黄埔系掌握军事，成员多出自黄埔军校；太子系以蒋经国为核心。
地方派系有桂系、晋系、粤系、滇系、奉系、西北军、湘军、黔军、川军、东北军等。像川军前身是清末四川新军，抗战时出兵数量全国第一；黔军在抗战中输送不少兵力，因脚穿草鞋被称“草鞋兵”。