1915年12月袁世凯称帝，方玉普被授予三等男爵位，时任曹州镇守使。他是北洋系老牌将领，长期驻守山东曹州一带，负责地方治安与防务，稳固北洋在鲁西的统治。

洪宪帝制覆灭后，依旧留任地方军职，周旋于北洋各派势力之间，参与省内防务调度。北洋军阀混战时期，始终驻守山东地方，未参与大规模派系征伐。后期因时局动荡逐渐卸去兵权，归隐乡野。

史料记载其于民国中期在家乡病逝，具体年份无精确记载，退出军界后再未涉足军政事务。生卒年不详，去世时年逾六旬。